黃巾軍來兗州了，這些黃巾賊在青州洗劫完了，北海太守孔融差點沒命，把青州搶廢了，又想來禍禍兗州，這能行嗎，這不，兗州刺史劉岱就帶兵去迎敵了。濟北相鮑信怎么勸都勸不住，黃巾軍勢大，有百萬之眾，不可正面硬拼。劉岱就是要正面硬剛，百萬之眾怎么了？黑山賊不也有百萬之眾嗎？還不是一樣被曹操收降了。
就這樣，我們的劉刺史太過輕敵，陣亡了，兗州被黃巾軍攻破了許多城池、村落。這時，陳宮出馬了，鮑信和曹操關系也不錯，二人在兗州各處游說，最后，兗州愿推舉曹操為兗州牧，請他打敗黃巾軍，還兗州一個安寧。
東郡，“黃巾軍雖有百萬，但其中大部分都是隨軍家屬，而且那些黃巾賊也沒有經過長時間的訓練，一旦局勢處于下風，馬上就會崩潰，不足為懼。”曹操說道。“沒錯，我軍訓練有素，軍紀嚴明，足以打敗黃巾軍。”夏侯惇說道。他很有自信，曹操本來就是以兗州為根據地，然后統一北方的，而那些黃巾賊，是注定被收降的。于是，曹操命夏侯惇、管亥、黃忠留守兩郡，曹仁、曹洪、夏侯淵、關羽、張飛、趙云等人隨曹操領兵四萬出戰。
兩軍在一片曠野上對陣，曹操從軍陣中出來，“大膽逆賊！竟敢殺害官員、劫掠百姓，還不下馬受降！”曹操說道。黃巾軍中也走出一個人，“我等沒糧了，想向刺史借一些糧食，可是刺史太不通情達理了，不借我們，我們也只能搶了，這不怪我們吧。”那人說完，給了旁邊一人一個眼神，旁邊的人出戰了。曹操也遣曹仁出戰，兩馬相交，不到三個回合，曹仁就斬敵于馬下。黃巾軍里又一人出戰，“子孝，這個留給我。”夏侯淵出戰了，同樣，夏侯淵斬敵于馬下。黃巾軍一看，不能斗將了，一會士氣都沒了。黃巾軍開始進攻了，曹仁和夏侯淵回到軍陣，而曹軍沒有動，等黃巾軍往前沖了一段距離之后，曹軍射箭了，不斷有黃巾軍倒在地上，這還沒接觸呢就已經損失這么多人，黃巾軍開始慌了，這當然逃不過曹操的眼睛，曹操命關羽、張飛、趙云、樂進等人緩緩前進，過了一會，箭射的差不多了，曹軍收起手弩，拿出盾牌和刀，迅速出擊，黃巾軍潰敗，四散奔逃，被俘虜的人無數，的而曹軍的損失微乎其微。幾天后，黃巾軍投降了，曹操同意了他們的投降，一百多萬人歸降曹操，袁紹表曹操為兗州牧。
夏侯惇在兩郡加強了巡邏，效果很明顯，這才幾天，就有探子來報告說，幾個世家大族的人最近經常聚會，曹操剛帶著一半兵馬去打黃巾，他們就開始蠢蠢欲動了。
一天夜里，東郡的世家大族的私兵向幾個地方聚集，聚集之后又向同一個地方聚集，東郡的府衙，他們抬起一根大木頭，用大木頭猛烈的沖撞著大門。平民百姓都躲在家里，聽著外面巨大的響動，不敢出來。終于，大門被撞開了，前面的私兵沖進去，只看見黃忠和百十來個士兵拿著手弩對著他們，下一刻，他們就什么都不知道了。領頭的督促著手下前進，黃忠發現了他，挽弓搭箭，結束了他的性命，進入到門里的人就這么死光了，沒人再敢往里面走，即使已經沒有了門，這時，后面又出現了慘叫聲，私兵們回頭看去，是夏侯惇帶著士兵向著他們射箭。“降者不殺！”夏侯惇喊到。他們沒有任何辦法，近兩千人，全部投降。
天亮的時候，管亥帶著一些士兵和世家大族找到了夏侯惇，只見那些平日里的尊貴之人一個個被綁了起來，顫抖著。有的人臉上還有血，這是有人不聽話，被管亥一刀宰了，濺到他身上的。“元讓兄，這些人怎么處理？”管亥詢問道。“把其中犯過罪的殺了，其他的放了吧。”夏侯惇說道。管亥帶著人走了，黃忠正在帶人處理昨天戰斗的痕跡，滿街一股血腥味，那個百姓敢上街。
“元讓，又一個郡的人才被你消滅了。”盧植又來了，蔡邕都放棄了，他還不放棄。“這人才不都在世家大族里面，平民百姓中也有許多人才。”夏侯惇回答道。“我光武帝就是借助世家大族的力量統一了天下，他們是國家的功臣，你就這么對待他們？”盧植問道，“正因為光武帝以世家的力量統一了天下，所以連想丈量天下的田地都做不到，連執行國法的忠臣“強項令”董宣因為殺了一個濫殺無辜的公孫丹，被光武帝下獄問罪。這世家大族早就該死幾個了。”夏侯惇說道。盧植不知道該說什么了。
董宣，東漢光武帝時的官員，在當北海相的時候，當地的大姓公孫家的公孫丹建了一座宅子，找人占卜之后說一定要有人死去才能吉利，于是公孫丹讓兒子殺了個過路的人，然后把尸體放在屋里，用來抵擋災難。董宣知道之后，就把公孫丹父子殺了，公孫丹的家屬三十多人拿著兵器到董宣衙門來喊冤，公孫丹以前投靠過王莽，擔心他們和賊人傳通，就把他們全殺了，青州刺史覺得董宣殺人太多，就向皇帝劉秀上書告發董宣，董宣下獄，在要處刑斬首的時候，劉秀的使者攔住了行刑，后來，董宣被降為懷縣縣令。
曹操成了兗州牧之后，夏侯惇就向他建議，發布席文，廣納賢才，曹操聽了，在四個月內，廣發了三篇求賢令，其實這三篇文章應該在多少年以后才被曹操寫出來的，現在因為夏侯惇提前了，曹操的求賢令主張為才是舉，這與漢朝幾百年來為德是舉的想法很不一樣，陳平幫助劉邦建立了漢朝，卻有著“盜嫂受金”的怪名聲，姜子牙幫助周武王建立了大周，可是之前只能穿著粗布衣服，中心思想就是除了才能其他的什么都不管。
夏侯惇從黃巾中抽出五萬青壯編入軍隊，這些青壯并不會被編成青州兵，而是打散分入曹軍，使其被曹軍同化成為新的曹軍。少年被送入兗州各處的學校，剩下的分到各郡安置。夏侯惇從曹軍中挑選出三千人，這三千人是曹軍中最精銳的士兵，他們將配備最好的盔甲，最好的武器，接受比一般士兵艱苦百倍的訓練。夏侯惇將這三千人交給了十八歲的曹昂，讓他來做這支部隊的主將。“元讓，這支隊伍有名字嗎？”曹操看著訓練的士兵問道。“就叫蒼狼兵怎么樣？”夏侯惇說道。“蒼狼兵，不錯，就叫蒼狼兵。”曹操說道。“族兄，等我的虎豹騎訓練好了，我們來比一比怎么樣？”曹純說道。“好啊，你要是輸了別不服氣。”夏侯惇說道。三人都是一陣笑。
不只是蒼狼兵，夏侯惇又挑了三千個用弩射的最準的，由十六歲的夏侯信統領，給他們配備最好的弩和箭。他們以伍為單位行動，不配備盾和刀，每天主要訓練射箭和隱蔽，他們就是曹軍中的狙擊手，暗行兵。