二人交戰時最初不分上下，第三代火影雖被稱為“最強火影”，但由于年邁體衰，

實力不如年輕時期，無法招架，只好使用當年四代目火影封印九尾的忍術——尸鬼封盡，三代目火影用兩個影分身將初代火影和二代火影封印，由自己的本體封印大蛇丸，但由于在封印過程中，大蛇丸操縱草雍劍將第三代火影重創，最終未能完全封印大蛇丸，只廢了他的雙手，使其無法使用忍術。

他的雙手被廢掉后，失去了使用忍術的能力（因為絕大部分忍術皆要以手結印和提煉查克拉才能使出），只好帶領音忍撤退。

砂忍后來才知道真正的風影已被大蛇丸暗殺，就跟木葉重訂和約。大蛇丸這場“木葉崩潰計劃”，最終以失敗告終。

大蛇丸為了治療雙手，他和手下兜主動去短冊街找三忍的醫療圣手-綱手請求診治。

由于綱手態度強硬，大蛇丸以替綱手死去的弟弟和情人復活（即穢土轉生禁術）作交易條件，并以七日為限期。七日后雙方再次交涉，但綱手拒絕了大蛇丸的提議，大蛇丸和兜見狀露出了殺心。同時自來也和鳴人也趕到了現場。

最初大蛇丸利用綱手怕血這一弱點穩占上風，但隨后綱手就被鳴人激勵擺脫了對血的恐懼，使用了創造再生，三忍展開大戰。

鳴人先于三忍大戰對兜使用了剛學會的忍術-螺旋丸并成功重創了兜，但自己也因體力不支而昏倒。此時大蛇丸和自來也正打得十分激烈，大蛇丸本想趁此機會解決掉鳴人，結果劍被綱手擋住，大蛇丸沒能得逞。之后大蛇丸以及萬蛇均被擊敗，大蛇丸和兜撤退。

這之后，大蛇丸因受不了原來女人身體雙手被封印所帶來的痛苦，故加緊派音忍四人眾前往勸說佐助投靠音隱村。佐助到來前，大蛇丸不得不拋棄已無法使用雙手的美麗女人身體（因轉生對靈魂有損傷，所以在容器還能用時，不會輕易轉生。）臨時以所捕忍者幻幽丸的身體進行靈魂轉生。

盡管后來音忍四人眾及擁有血繼限界的君麻呂徹底死亡，但成功讓佐助來到音隱村，并積極對其進行培訓，企圖用佐助作為下一個容器。

三年后，木葉村的“新第七班”隊長大和從‘曉’的蝎處得到消息，知道其派往大蛇丸的臥底將于天地橋處跟其會面，并欲籍此找到關于佐助的線索。

鳴人等人按照指示到達天地橋，卻遇上了大蛇丸。大蛇丸跟因憤怒而化成四尾妖狐的鳴人進行了一場激烈的戰斗(兜稱這為‘怪物之間的戰斗)，及后卻因身軀已達極限，故帶同兜及團藏派來交涉的佐井一起離開。

但大和班眾人沒有放棄，追蹤至大蛇丸的巢穴，找出并成功勸告佐井歸隊。之后他們分成兩隊，以求加快尋找出佐助的位置。

途中佐井及鳴人一隊卻碰上了大蛇丸，大蛇丸跟鳴人再度交手，而鳴人卻讓佐井先往尋找佐助。后小櫻及大和前來支援，大蛇丸不欲戰斗而遁去無蹤。不久，鳴人、小櫻跟佐助再度見面，但佐助卻不領舊情，欲把他們全部殺掉。

這時大蛇丸突然出現，出奇地阻止佐助殺死鳴人他們，因為大蛇丸認為他們還有利用價值，可替他多殺掉幾個‘曉’的成員(因為大蛇丸曾是‘曉’的成員，后叛離而同時給‘曉’追殺)。佐助會意而放棄殺害鳴人等人的念頭，和大蛇丸一起隨風而消逝。

不尸轉生的三年期限結束后，連兜的藥也救不了他，大蛇丸認為是時候利用佐助的身體進行靈界轉生。

另一邊佐助認為大蛇丸該教他的全都學會了，他的存在對其來說沒有利用價值，故先發制人，沖進其房間進行刺殺。大蛇丸也不甘示弱，現出真身白鱗大蛇，并準備進行靈界轉生。然而，他卻諷刺地在自己進行轉生的結界內，被佐助吸收及奪去一切力量，留下一副大蛇軀殼。結果因自身極其虛弱，不敵佐助的寫輪眼而被佐助吸收，靈魂與力量被完全壓制。

之后，佐助與自己的哥哥鼬戰斗時，由于查克拉耗盡而釋放出大蛇丸，他重見天日后本欲與鼬一較高下，結果被自己苦心尋找的十拳劍封印，保命用的小白蛇也被鼬的天照燒死。

第四次忍界大戰期間，佐助、重吾、水月將大蛇丸從御手洗紅豆的咒印中復活，大蛇丸并自兜身上取回了自己的查克拉以及兜在這期間所掌握的情報，與佐助、水月和重吾一同去尋找“知道一切真相的人”。

之后大蛇丸在宇智波一族的南賀神社利用之前留下卷軸的內容將被尸鬼封盡封印的自己雙手及前四代火影的靈魂放出，并利用附身在佐助身上的監視用白絕施展穢土轉生，召喚了前四代火影；

自己則以白蛇形態逃離因施術而瀕死的軀體，奪取了具有初代細胞的白絕身體，并且恢復了雙臂。大蛇丸在兜的體內的這段時間想通了，連一直學習自己生存方式，處心積慮計劃一切的兜都失敗了，故選擇幫助佐助，想要見證一個不同于自己的人生。

佐助決定阻止斑的陰謀后，大蛇丸與鷹小隊剩余成員一同趕往戰場治療五影。

隨后來到戰場，與綱手在鳴人的回憶中看見自來也的墳墓，感到慚愧。最后與忍者聯軍們合力，成功從十尾人柱力宇智波帶土體內抽離尾獸們。之后一只名為阿飛的漩渦狀白絕在戰場出現，攔住眾人去路。阿飛與以三代目火影為首的忍者聯軍們展開惡戰。

與此同時，佐助被復活的宇智波斑擊倒，生死未卜。香燐想前去救治佐助，大蛇丸則勸誡香燐三人等待合適的時機再行動。后大蛇丸四人抓住時機，暫時壓制住阿飛，并趁機逃出阿飛的包圍圈，前去找到佐助。正當香燐三人擔心是否來的及治療佐助時，大蛇丸發現兜已經在救治佐助。一段時間后，佐助被成功救醒。

無限月讀開啟后，大蛇丸連同其他人一起中了此術并被神樹纏繞。

最終無限月讀解除，包括大蛇丸在內的所有人終于重獲自由。

第四次忍戰十幾年后反而變得更年輕的大蛇丸由于大蛇丸已改邪歸正，并且曾在第四次忍界大戰中帶領鷹小隊剩余成員立過功，所以不用再被列入叛忍名單中，并且被允許在不涉及他人生命安全的情況下繼續做實驗，但仍需要被歷代火影派人暗中監視。

第四次忍界大戰后十幾年，鳴人已經成為七代目火影，但此時卻出現了沖著佐助而來的新敵人宇智波信。鳴人與佐助認為此事與大蛇丸可能有關系，于是找到大蛇丸。

大蛇丸告訴鳴人與佐助，信其實曾經是大蛇丸的實驗體之一：信的體質非常特殊，對移植在自己身上的任何組織不會出現絲毫排斥反應。因此，大蛇丸在信身上移植了許多團藏在宇智波滅族事件中收集到的寫輪眼，之后又將信已經移植好各種寫輪眼的右臂送給團藏，作為團藏的新右臂。大蛇丸還曾用信的細胞克隆出了許多信的克隆人。后來，信帶著部分克隆人們離開大蛇丸。

疾風想著這些東西，蛇叔的故事真的可以寫成一本書了，經歷太豐富了，我們做夢都沒有想到的事情，蛇叔幾乎都玩過了。疾風覺得，蛇叔的故事還在繼續。

疾風覺的自來也和大蛇丸兩人選擇了兩個不同的道路，自來也雖然很早就離開了我們，但是他的形象，在無形中，占據了我們心靈的身處，無論何時，當我們想到了自來也這三個字，都會忍不住的贊嘆，敬佩，惋惜。

無論是什么樣的感情，但是相信一萬個人眼中，有一萬個自來也的形象，但是唯一不變的就是自來也是忍界的一個英雄沒有自來也，恐怕就沒有鳴人的今天，游龍當歸海，海不迎我自來也。走的是一種俠客路。

蛇叔呢？前期的我們幾乎恨透了這個家伙，把自己的師傅給殺了這簡直就是不能容忍，

但是后來通過自己的方法，走出來一個完全不同的忍者之路，人們對他褒貶不一，但是蛇叔不在乎，世界這么大，人類這么多，道路數不盡，何必在意他人的看法，這個世界是一個看結果的世界。

蛇叔用自己的成果說明了一切，看到現在的蛇叔，我們可能沒有那么的恨，更多的是一種說不明的感覺，覺得這家伙真的不一般，絕對的boss科學怪人，除了殺了三代的事，

其他的事我們反復都沒有太多的在意他的過往了，直覺的老人不多了，無論如何，蛇叔過著自己想要的生活了，走的是一種梟雄路，路還在繼續。

我們的鼬神，走的更想是一個天才高冷的劍客之路，什么樣劍客，俠之大者，不以武力服人，自身的實力又是那么的高深莫測。