汪琦對貝蕾和其它追隨他的異人們，講述了他當年被暗夜組織人捕獲后做實驗的經過。汪琦還說，暗夜組也改造了異人們的祖先。所以，這些人建立了暗夜組織，迎接他的歸來。現在，他要回報這些人的忠誠，在他們身上重現當時暗夜人的實驗。

貝爾研究出了能抗暗夜組織的方案，這是能救回惠子的唯一辦法了。可是，寒梅又擔心使用過程中會造成惠子出現其它不好的情況。何巖聽了，主動要求要自己先去試探。但貝爾得知如此做可能會摧毀被暗夜建立的防御系統，命令何巖另外尋找辦法。他不想失去何巖這個神盾局出色的特工搭檔。何巖見多說無益，為救惠子，他自己先做出了決定。

貝爾和汪琦居然通過神秘局的系統，尋找到了惠子蹤跡。貝爾認為這是陷阱，而汪琦卻感情用事地以為也許惠子故意這樣做，好讓昔日的同事前去救她。貝爾盡管一直將何巖視作自己的好兄弟，但卻認為何巖錯了。有了線索，但不能掉以輕心，如果此次前往，務必將暗夜一舉消滅。

何巖為貝爾的設想所吸引，幫他們將方案用于實驗，將正常人轉化成異人。但何巖的實驗失敗了。他對貝爾說如果要成功，他需要一個活著的暗夜人的基因。

神秘局的特工們全副武裝地出發了，大家下定決心要救回惠子，摧毀暗夜，尤其何巖，惠子是他的搭檔，而他居然對惠子的變化一無所知，他內心對此感到內疚，一心要彌補。特工們趕到后，寒梅發現了暗夜死士，她假意套近乎，得知暗夜抓人的目的。當得知了暗夜的確切所在地后，寒梅擊暈了死士。

為了得到活的暗夜組織人的血液。貝爾召喚來了暗夜組織的人手，這時，暗夜出現了，一直躲在暗處觀察的神秘局特工們執行著汪琦的命令，可何巖卻想違令去幫惠子。

獵殺者被惠子制服，抽到了足夠的血液。這時，何巖出現要救回惠子，而卻暗夜將他擊倒在地痛毆。另一個獵殺者最終被暗夜所殺，特工們的武器顯然也傷不了暗夜，神秘局只得火速撤離。暗夜因惠子未能如約扯出汪琦的心臟而對她的忠誠表示懷疑。汪琦何巖等人一起，攻打暗夜，在經過三天三夜后，暗夜被神秘特工隊一行人給擊敗，暗夜組織也徹底消失。神秘特工隊一行人完成使命，他們有情人終成眷屬，手拉手幸福而歸。

完結