隊友們發現何巖闖進了柯林房間,急忙趕去,將他及時拉出來。這時,何巖發現自己手上有砂礫,這砂礫看起來很尋常,但卻比地球上的早N多年。神密特工隊的人一起猜測,這巨石應該就是個傳送門,通往宇宙的另一星球,而柯林應該是回到那里或者被帶到了那里,她還有回到地球的希望。新的發現讓特工隊的同伴們迅速行動起來了。
何巖一直記著要抓回黎影的事,他打算潛入暗夜,伺機復仇。正是因為黎影那一槍,惠子為了保護自己,差點送了命。惠子也想去,但她傷還沒有全愈,何巖不想惠子再冒生命危險卷入這件事。
何巖設法找到了貝爾,他也同樣對暗夜懷有仇恨。何巖請玲子用易容術為他弄個假身份,然后打入暗夜內部。黎影正在設法奪取暗夜的權力,他帶人抓住了暗夜前領袖的兒子暗君,用各種方式逼迫他妥協。沒想到暗君并不像他想的那樣孬種,始終不肯妥協。兩人選擇了合作,重建暗夜組織,并使其發揚光大。
汪琦和隊友們,請來了神秘局的人及考古隊加入。果然,考古隊從石砂礫上發現了端倪,帶著他們,一起前往石洞查探時光巨石情況。他們趕到了何巖所說的那個石洞,找到了那處刻字的所在,緊接著,暗藏的通道被他們發現了,他們順著通道走了很久,借著手里的手電筒光線發現,他們像是來到了一所奇怪的奇異光忙的隧道,最終,他們發現了光芒后的裂口,大家猜到了這個裂口是用來時光巨石飛行的出入口。
何巖和玲子也趕到了所在地,和汪琦他們會合。大家啟動了石洞中的設備,奇異光后面裂痕忽然有了反應,發出巨大的脈沖聲,將汪琦震暈了過去。其它人卻都沒什么感覺。而何巖從中發現了辦法,汪琦可以用自己的超能力打開這條傳送裂口,何巖跳了進去,在另一端找到了柯林,并成功地救回。