銅墻鐵壁堅固的暗夜地下關押室中，三個暗夜死士士兵從天而降，以無窮的力量瞬間不到兩分鐘的時間打敗了看守員們，把一個犯人劫走了，稱他為華宇少爺

柯林覺得張偵探員可能是自己的親身父親，所以她一直在很激動的查探著，看是誰把她放入的孤兒院可是汪琦知道這件事背后的答案卻又不能多說些什么。

神秘特工隊接受了關于暗夜劫人的案子，并且從中了解到暗夜士兵由劉浩明的血清已經解決了會防毒的問題，也就是說現在的暗夜死士士兵已經不會中毒，暗夜實驗室又重新開始。

汪琦決定要盡快找到何巖和這些暗夜死士士兵以免犯罪進一步擴大，同時汪琦也找來一個人回來幫忙，以彼之道還施彼身，這人就是杰森。杰森重新以不同的身份進入神密特工隊，想和大家一起合作解決這個案子，杰森不明白他的能力會用到什么地方，汪琦告訴他會用在適當的地方。蒙思和柯林幫助杰森測量一些身體的狀況，不明白他之前是如何穩定下來毒擴散的速度，汪琦告訴他們是他們原來設計的槍打中了杰森穩定住了血清，從而救了他，但是蒙思和惠子羞愧不已。蒙思和惠子重新為杰森設計了一套戰服，以助于他能更好的的發揮力量而投入戰斗，這時候汪琦已經查到關于暗夜實驗室的具體位置開始行動。

柯林感謝冰也幫她找尋失散多年的父母，順便柯林把監獄的探監的錄像調出來，從而知道了這件案子和千里眼有關系。汪琦和杰森來到暗夜實驗室，想要制造更多的防止暗夜士兵的迷香，并且準備開始正面迎擊暗夜死士。

在實驗室中，暗夜士兵與神密特工隊正面戰斗，汪琦受了很嚴重的傷但是同時也制服了一個暗夜士兵，但是主謀用電腦控制暗夜士兵的死亡開關而殺死了他。

就在暗夜士兵死亡前的錄像中，汪琦和杰森發現了沒注射血青劑卻還沒有死的何巖，他們都認為何巖是他們通向第三階段的鑰匙。何巖問為什么自從上次Y車站見惠子一面以后就再也沒見過，汪琦鼓勵何巖讓他有勇氣重新面對惠子。何巖好不容易鼓足勇氣給惠子打電話，卻發現暗夜的人就在惠子旁邊并提出人質交換。可就在人質交換過程中，他們發現，暗夜的目標并不是惠子而是死過一次的何巖，汪琦很內疚決定回頭救出何巖的時候，實驗室發生了爆炸，何巖在支離破碎的碎器片中消失了，待汪琦和其他隊友反應過來的時候，何巖已經不在了，他被暗夜的死士綁架帶走了。