華亞醫院的布局設計很簡潔，最顯眼的建筑是三棟大樓，呈倒品字形鋪開，坐北朝南的方向。正對著大門的那棟建筑是醫院的門診部和附帶的急診區，后方的兩棟建筑則分別是住院部和康復中心。在門診樓的東邊，有一棟規模不大的三層建筑，是這家醫院的行政辦公樓。住院部和康復中心的北邊是生活區，分別建有兩棟宿舍樓和一間食堂。在各個建筑間，還零星穿插著一些綠化區，美化環境的同時也能給住院的病人提供一小片休閑放松的空間。

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