六月，噶爾丹入犯烏珠穆沁發動叛亂，消息傳至京城，滿朝皆驚。康熙憤憤然表示要御駕親征，眾位大臣勸諫無功，只能積極準備征戰的事情了。其實早在兩年前皇上就準備解決葛爾丹了，加上費揚古提出的新式練兵的方法，讓康熙更有信心了，到現在要人有人，要武器有武器，要糧草又糧草，簡直是萬事俱備只欠東風。阿克敦負責的火器營也取得重大的成就，新式的火槍威力巨大，康熙已經裝備了500人，相信這500人會發揮巨大的作用。

六月中旬，康熙命裕親王福全為撫遠大將軍，皇子胤禔為副將出古北口；恭親王常寧為安遠大將軍，忠勇公費揚古為副將出喜峰口征討，分兵兩路出擊，左右兩翼迂回北進，消滅噶爾丹軍于烏珠穆沁地區。康熙帶領正黃旗和鑲黃旗親征，阿克敦為御前侍衛總領，負責皇上的安全。康熙親臨博洛和屯指揮，同時令盛京將軍、吉林將軍各率所部兵力，西出西遼河、洮兒河，與科爾沁蒙古兵會合，協同清軍主力作戰。左路軍北進至烏珠穆沁境遇噶爾丹軍，交戰不利南退。噶爾丹乘勢長驅南進，渡過沙拉木倫河，進抵烏蘭布通。右路軍也進至烏蘭布通南，康熙急令左路軍停止南撤，與右路軍會合，合擊噶爾丹于烏蘭布通，并派兵一部進駐歸化城，伺機側擊噶爾丹歸路。

裕親王福全輕信葛爾丹投降的傳言，致使延誤軍機，同時大阿哥不愿到手的功勞飛出去，所以擅自領兵出戰，遭遇埋伏。消息傳至康熙手里，然康熙氣憤不已，又擔心大阿哥的生死，遂命恭親王常寧加緊行軍，解救大阿哥。

恭親王收到康熙的消息后，招來費揚古和一眾將領議事，大家都主張分兵兩路，一路救大阿哥，一路匯合裕親王圍攻葛爾丹主力軍隊，恭親王無奈只能加緊行軍，好在離裕親王的大軍也不遠了。經過一天的緊急行軍，恭親王終于到達了預定的地點，事情進展的很順利，費揚古帶領一路軍隊圍攻葛爾丹，另外一路軍隊由恭親王親自帶領去營救大阿哥。

經過一天一夜的激戰，清軍消滅大部分叛軍，恭親王也如愿救出了大阿哥，只是大阿哥原本5000人馬只剩下了不到一千，讓恭親王傷心不已，但還是有一股主力突圍出去，是葛爾丹親自率領的幾千人馬，這也是沒辦法的事情，畢竟人家也不是吃素的，而且由于長期居于苦寒之地，葛爾丹的軍隊是人強馬壯。

康熙接到消息之后，很是開心，畢竟還是勝利了，消滅了葛爾丹大部分的人馬也算值了，只是葛爾丹逃脫了讓康熙郁悶不已，同時下令三軍一定要捉住葛爾丹，同時對裕親王和大阿哥也是滿腹不滿，只是臨時換將乃是兵家大忌，所以裕親王還是原職，但大阿哥責備康熙拘禁在裕親王哪里，不準再領兵出戰，讓大阿哥憤憤不已，但還是乖乖地待在軍營里，對自己的失敗很是不滿意，整個人也萎靡不振。