本文以傳統貿易保護理論、戰略性貿易政策理論、以及內生比較優勢理論中關于后發國家能夠通過技術創新、技術引進、技術擴散、模仿創新、變干邊學等創新途徑提高本國比較優勢，減少與先進國家的技術差距，實現比較優勢動態轉換的思想為基礎，得出了自主創新是推動一國比較優勢內生轉化，以及出口貿易結構優化升級的最根本原因和動力的結論。其中，有效的政府戰略性R&D補貼政策干預措施是推動一國比較優勢轉換和技術創新，及貿易結構優化的最重要手段之一。在此基礎上，本文通過構建相關數理和計量經濟學模型進一步深入考察了政府戰略性R&D補貼干預政策對國家及產業自主創新能力所產生的影響，并對其政策實施的內外部條件進行了深入探討。根據理論研究結論的基礎上，本文還對此進行了實證研究，主要通過利用數理和計量分析方法分別從國家、區域、產業和企業視角考察了我國戰略性R&D補貼政策對自主創新能力的影響效應，以及對我國出口貿易結構中出口商品結構及高技術產業出口貿易結構的影響效應進行了實證研究。研究結論表明戰略性R&D補貼政策顯著提升了我國以及區域、產業以及企業的自主創新能力，其中戰略性R&D補貼政策在對區域自主創新能力的影響存在顯著的地區差異性；同時戰略性R&D補貼政策對優化我國出口貿易結構具有明顯的促進作用，在以我國高科技產業為例的實證研究中還發現戰略性R&D補貼政策對其自主創新能力影響效應存在顯著的行業差異性。基于以上研究結論本文還提出了相關政策建議，并希望通過以上研究，能夠為我國今后在合理利用WTO規則規避貿易摩擦，通過有效實施戰略性R&D補貼政策，提高國家、區域和企業自主創新能力，為優化出口貿易結構提供一定的理論和政策參考價值。