2001年，公共衛生體制改革正式開始，原來區衛生防疫站一分為二，變成“區疾病預防控制中心"和“區衛生局衛生監督所"兩個單位；為了實現醫保接口，全系統所有信息系統推倒重來，減少了長遠浪費，保持了到今天11年的總體穩定。2002年5月17日，公共衛生提出了“一年起步、兩年發展、三年壯大"的目標，開始計量認證和國家實驗室認可。2003年，迎戰非典，“三辦合一"有序組織，傳染病直報、農村集中聚餐申報、首席調查員等一項項創新，走向全省全國。2004年，藥品大降價導致全系統當年虧損3千多萬，離退休老同志一次次為錢而上訪。2005年1月9日，全系統干部職工在浙江兒童劇場開會，1600名拱墅衛生人勇敢亮劍、眾志成城，開始負重拼搏之路。