在結束異形戰爭之后（前作《第零號》夭折，以后會出前傳），人類的科技突飛猛進。世界不再有國家人種之分。人類實現了真正的自由與安定。在公元2021年，在南美的一座小島上發現距今約2萬年的古代遺跡上發現了古人對抗異形的記錄。考古人員拍下文物照片后離奇死亡，核心警備隊（LAP）在調查過程中發現考古隊員被撕裂的肢體和破碎的人體器官，共收集七副骸骨，考古隊共有八人，七人確定遇害，一人下落不明。文物丟失。由于0式裝甲著裝員已于2020年在水星打開生化模式死亡，警備隊戰力大大減低，秘密開啟生化裝甲第二期實驗。LAP成立科學調查武裝小隊，著裝量產型1式裝甲與輕型版2式裝甲，進入南美尋找失蹤人員。編號5467成員在行動中與調查隊失聯，前去搜救調查隊隨即受到不明異形襲擊。。。文物與古代異形有何關聯？當地的文明又去了哪里？