在成功阻止暗黑大帝復活后，萌學園表面恢復平靜，實則暗流涌動。紅月再次高懸天際，預示著不祥之兆。神秘的白衣男女在學園悄然現身又消失，給學園蒙上了一層神秘的面紗。萌騎士們肩頭的使命還未完全結束，他們隱隱感到新的危險正在逼近。就在此時，學園里接連發生怪事，先是不少學生莫名陷入昏迷，身體虛弱不堪，仿佛魂魄被抽取。經長老們仔細探查，發現這是傳說中“斯坦禁術”——“魂魄奪取術”所為。奈亞公主、奈冰公主、圣亞公主、神圣公主以及身份暫時保密的蜜諾娃使者聯合萌騎士們開始調查真相。隨著調查深入，萌騎士們發現一個驚人的秘密：暗黑公主出現了，她還攜帶著暗黑五星。原來，暗黑大帝雖未復活，但他的余孽勾結暗黑魔帝，企圖借助“魂魄奪取術”收集大量魂魄，為暗黑大帝重塑肉身。而且暗黑魔帝還掌握著五顆神秘靈石，據說這五顆靈石集齊能釋放出毀天滅地的力量，若被暗黑勢力利用，整個宇宙都將陷入黑暗。同時，萌騎士們還在暗黑檔案室發現了神秘的檔案X，內容涉及暗黑大帝與暗黑魔帝的陰謀，以及他們妄圖統治宇宙的野心。左右護法也在暗中協助暗黑勢力，給萌騎士們制造諸多麻煩。每當萌騎士們接近真相，就會遭遇意想不到的陷阱和強大，他們。