（萬歷四十年三月辛丑），右給事中彭惟成疏陳時政言：『……倭夷犯順，侵我屬國，抗我王師，剽我海泊。臣聞彼得我福船價千金、烏船數百金、「批點通鑒節略」四十金、「輿記」二十金，焰硝、金鐵皆二十倍于土價，而他錦綺、器物不過數倍。此其誘我邪民、構我利器、習我舟楫、偵我虛實，勾誘呼應；而我可無衣袽之戒乎』？因言「沈有容在閩，能越海數日殲倭眾于東番，東番自是斂戢，倭亦戒不敢掠至閩且十年，皆有容之力也」。

（六月戊辰），以防海功，賞浙江巡撫高舉銀、幣，升俸一級，總兵官楊崇業、副使寧瑞鯉等有差；仍增通倭海禁六條。

撫臣以盤獲通倭船犯并擒海洋劇盜奏言：『防海，以禁通倭為先。而閩、浙實利倭人重賄，遂至繩繩往來為倭輸款；嘉靖間王直等勾倭之余烈，可鏡也。臣檄行文武官密為緝訪，亡何金齒山、定海、短沽、普陀等處屢以擒獲報至。杭之慣販日本渠魁如趙子明輩，亦并捕而置之理；累累多人，贓真證的。但往者通番律輕，人多易犯；乞敕法司將前項走倭者、出本者、造舟與操舟者、窩買裝運與假冒旗引者以及鄰里不舉、牙埠不首、關津港口不盤詰而縱放者并饋獻倭王人等以禮物者——他如沙埕之船當換，普陀之香當禁、船當稽，閩船之入浙者當懲，酌分首、從，辟、遣、徒、杖；著為例』。部覆「如議」以請，上是之；

并諭：『新定條例與舊例并行，永為遵守；仍著撫、按官刊榜曉諭。有違犯的，依例重處，不得縱容』。

（庚午），浙江總兵官楊崇業奏「偵報倭情」言：『探得日本以三千人入琉球，執中山王，遷其宗器。三十七、八兩年，迭遣貢使，實懷窺竊。近又用取對馬之故智以愚朝鮮，而全、羅、慶、尚四道半雜倭奴矣。嘉靖之季海禁大弛，遂有宋素卿、徐海曾一本、王直之徒為之禍始；今又十倍往時。宜敕海上嚴加訓練，著實舉行。至于稽查海外夷使，責在撫、道；并移咨朝鮮國王嚴禁倭奴之入全、羅、慶、尚者，一如中國之禁』。從之。

（七月己亥），福建巡撫丁繼嗣奏：『琉球國夷使柏壽、陳華等執本國咨文，言王已歸國，特遣修貢。臣等竊見琉球列在藩屬固已有年，但邇來奄奄不振，被系日本；即令縱歸，其不足為國，明矣。況在人股掌之上，寧保無陰陽其間！且今來船只方抵海壇，突然登陸；又聞已入泉境，忽爾揚帆出海：去來倏忽，跡大可疑。今又非入貢年分，據云以「歸國」報聞；海外遼絕，歸與不歸，誰則知之！使此情果真，而貢之入境有常體，何以不服盤驗、不先報知而突入會城？貢之尚方有常物，何以突增日本等物于硫磺、馬、布之外？貢之赍進有常額，何以人伴多至百有余名？此其情態，已非平日恭順之意；況又有倭夷為之驅哉！但彼所執有詞，不應驟阻以啟疑貳之心。宜除留正使及夷伴數名，候題請處分；余眾量給廩餼，遣還本國。非常貢物，一并給付帶回：始足以壯天朝之體』。因言「閩中奸民視倭為金穴，走死地如騖；絕興販以杜亂萌，又今日所宜急圖」。章下禮部，覆如撫臣言。

（八月丁卯），兵部言：『倭自釜山遁去，十余年來海波不沸；然其心，未嘗一日忘中國也。三十七年三月，倭入琉球，虜其中山王以歸；四月，入我寧區牛欄，再入溫州麥園頭；五月，入對馬島，倭酋云蘇等來致其國王源秀忠之命，欲借朝鮮之道通貢中國。三十八年閏三月，薄我寧區壇頭，又兩遣偽使覘我虛實。今四十年，琉球入貢者夾雜倭奴，不服盤驗——見于福建所報；平義智稱其國王家康，欲遣近臣入朝鮮——見于遼東所報。封豕長蛇，其釁已見。數十年來倭所垂涎者，貢耳。故既收琉球，復縱中山王歸國以為通貢之路；彼意我必不入倭之貢，而必不逆琉球之貢，或仍如三十八年納毛鳳儀、蔡堅之事。總之，倭不可不備；備非徒設，在務得其情以制御之。蓋洪武中廖永忠曰：「倭夷竄伏海島，來如奔狼、去若驚鳥，欲請添造櫓船，沿海巡徼；倭來，則大船薄之、快船逐之」。今戰船非不具也，比聞倭奴之船更大于中國。彼時止以彼中倭船入寇，故我得以長技制倭于海洋；今反用大船薄我、快船逐我，豈非即我之奸民所以市倭者耶？將領非不具也，白馬島之役，我眾賊寡，未聞有出而戮賊者；麥園頭之敗，我將方被酒臥帳中，諸軍亦離次失伍去其汛地，賊遂薄我：殺掠之慘，即罪一、二將鎮，何救于事！所在沿海撫、道、鎮將湔此宿弊，查虛冒、習水戰、嚴軍律；而又委任得人，移駐海上，躬自簡閱而勸懲行焉：庶其少有濟乎！倭之桀驁似虜，而狡詐過之；閩中貢夷，必有倭之梟雄渠魁潛匿其間者。因形知情、因情知事，不測之緘固已在此，勿問異日矣。福建軍門應遣熟知夷情者入海诇探中山歸國否；如中山王仍有其國，則二百年之封貢，猶知戴我。如制其國中者倭也，則閩乃與浙東寧區、定海、舟山、昌國等耳；我之備倭，當又有處矣。若平義智之書，其情似不盡具于書；然固朝鮮之一大利害也。竊意倭使來，必以其眾至朝鮮；邊臣必不能止其眾于外而獨以一、二使者入，入則朝鮮之禍可立至矣。若復據事凌逼——有如咨中所言，即朝鮮之釁以亂朝鮮，因以脅其君臣而震以必從之勢，且以朝鮮離攜于我，可一折而入于倭，倭又豈必在舟楫之間角干戈之勝哉；則固東事之隱憂也。今應明諭朝鮮君臣控守南鄙，一以自強為主；即有倭使，第令邊臣嚴兵待于境上，勿延入境。仍聽遼鎮撫臣選差曉機宜者往彼國密探情形，果否已在王京？果否人事修舉？所據事凌逼何狀？故曰「務得其情以制御之」也。今通倭之民所以屢禁而不可止，何也？蓋禁通倭，必漁者、賈者及市糴者一切禁絕而后可；然民之生命在斯，其勢不能禁絕，則通倭之船已出矣。雖然，使撫、道有司精力辦此，不難也。蓋通倭之船可以欺公府，不可以欺鄉曲；設私造之禁、行連坐之法，則固已禁矣。然海上奸民飄大洋而出者不止一處，莫便于越。至以通番為固然，習者不怪、禁者無所施，尤莫甚于閩；不惟通倭，兼通呂宋諸國。獨呂宋人狡不如倭，故猶無大患耳。不然，令生于內地者不能守其故土，已觸禁而不返者既堅其戴倭之心、未觸禁而思逸者又不能止其入倭之勢，必有不可收拾者』。俱依擬行，仍命地方官用心料理，不得怠玩；并行與朝鮮一體備御。大約倭奴之襲朝鮮、琉球者，乃關白時事；而尋常入寧區牛欄、溫（州）麥園頭等處皆中國之奸民購倭中之亡賴者剽掠海澨，未嘗稟仰其國王而敢狡焉大舉也。通貢之說，有之；乃稅使未撤時，閩人實誘之欲交通稅使于閩開市；自撤后，其謀已寢矣。所稱海上倭船與我國唬船等，視大東船小甚；然亦無巡船也。自以裁減取名，盡失前人規制；

而兵與船皆虛弱敗壞，無濟緩急：寧待將帥玩愒、士卒離次而后可憂耶！至通倭，則南直隸由太倉等處以貨相貿易，取道浙路 而去；而通倭之人，皆閩人也。合福、興、泉、漳共數萬計，無論不能禁——法能禁之，則數萬人皆倭，而禍立中于閩。此其故，難言之矣。若呂宋諸國，即成祖時三寶下西洋處也；倭在東，絕不相蒙。其島眇小，無逆形；閩歲給文往者船凡四十艘，輸軍餉四萬兩，而地方收其利：不必與倭并論也。

（九月戊戌），兵部覆兩廣總督張鳴岡條防海五議：『一、虎頭倭寇出沒居水陸沖，欽把不足捍御，致有先年倭犯；應移總兵扎鎮。一、澳夷狡猾叵測，宜將虎頭欽總改扎鷹兒浦；仍于塘基灣等處壘石為關，守以甲士四百人，余兵棋布緝援。一、舊營、雍陌、香山、濠鏡間各五十里，議掣都司、海道兵足以四百，選將肄武、更班守汛，與欽總所轄各兵營用以戍。一、嚴防住牧內地佛、良諸夷，仍申市禁；否則，絕之。一、添廣州東、西、中三總哨，里海把總俾有統屬責成，而任以謀勇武科』。俱依議行。

（十一月壬寅，大學士葉）向高（又）言：『蒙發擬福建巡撫丁繼嗣一本「為琉球封貢事」，此本已經部覆，催請未發。

臣聞琉球已為倭并，其來貢者半系倭人，所貢盔甲等亦系倭物；蓋欲假此窺伺中國，心甚叵測。巡撫疏中言倭將明檄琉球，挾其代請互市。又閩、浙亡命郭安國亦寄書其家，語多狂悖；不敢上聞，而抄以寄臣。東南之事，甚為可憂！乃夷使又未奉旨發遣，羈留日久；非但窺見內地之虛實，且將謂朝廷百事遲延、奏請不報，益長其驕傲之心、速其猖狂之舉。今北虜未寧、四川又在告急，加以東南再有倭警，轉餉、募兵將大騷動；在在空虛，何以應之！伏望圣明即賜批發』。

（乙巳），禮部覆福建巡撫丁繼嗣奏，謂『琉球情形叵測，宜絕之便。但彼名為進貢，而我遽阻回，則彼得為辭，恐非柔遠之體。請諭彼國新經殘破，當厚自繕聚；候十年之后物力稍充，然后復修貢職未晚。見今貢物，著巡撫衙門查系倭產者，悉攜歸國；系出若國者，姑準收解。其來貢國人，照舊給賞，即便回國；不必入朝，以省跋涉勞苦』。得旨：『這琉球入貢事情，準照部議行。其一應海防事宜，俱著地方官悉心料理，毋致疏虞』！

（閏十一月甲戌），兵部題：『朝鮮奏解王秀等八十一人，供系自浙而閩販貨遭風；然王秀等六十三名何以復畏罪逃脫！

請將見在褚國臣等十八名解浙江巡撫衙門嚴鞫發落；其沈文私記日本程途、倭將名色，一并問擬具奏。在逃人犯，通行內外衙門嚴緝正法』。從之。

（十二月庚寅朔），兵部題：『販海之禁，屢經申飭；不意猶有如李文美等公行無忌！跡其盤驗，雖非通倭之貨；但脫逃可疑，應行原籍衙門拘審。仍通行所屬沿海軍衛有司禁戢軍兵，不許私出大洋興販通倭，致啟釁端』。從之。

乙巳，兵部題覆福建巡撫丁繼嗣、巡按陸夢祖奏：『擒獲通倭蔡欽、陳思蘭等，乞宸斷處治，亟正重典以彰國法』。并申嚴海禁：「一、責成澳甲；二、責成縣官；三、責成官兵；四、責成各道」。上是之，仍命依議著實行；有違玩的，查參重治 。

（壬子），兵部（又）題：『春汛可虞，海防宜急。請敕南直、浙江、福建巡撫衙門，遇春防，移駐海上；將各分信地兵將、火器、戰艦、器械及堵御、策應、哨探方略逐一開報，限三月內到部。防汛畢，查核功罪具奏，覆請定奪』。……是之。

（萬歷四十一年二月丁未），巡撫福建右僉都御史丁繼嗣疏陳防海七事：『一、擇用水將。副、參、游擊等官員缺，必查其曾歷海上或長海濱，方與填補。有人地相宜者，不妨就近遷轉，久任責成。一、督造戰艦。冬汛畢日，各預先團造，以備春汛之用；春汛后，均再修造，以備輪流兌換之用。道臣不時至廠，一一驗視；果系堅固，委官即與薦舉紀錄，以酬其勞。一、調守要區。松山系自浙入福之門戶，防御尤宜加嚴。嘉、隆間，倭奴入犯，曾撥船兵一哨于山；久而舟師罕至，慮有海寇乘間而起。宜挑選精兵汛守此山，賊不能飛渡。一、移防險塞。三江口系閩中要地，而劉澳去三江不遠；一厄此澳，則三江之捍衛益嚴、興化之門庭益固。一、改設客兵。海澄界在漳、泉往來通番之地，往往有島夷巨寇竊發于此。舊設團練機兵皆系土著，而豪右因有掛名糜餉者。宜改土易浙——而浙餉故厚，宜以浙之餉例給之，寧減勿增餉；分水陸三哨，水又分為四舟，募慣海者充之：餉不議加而兵有實用。一、團造藥器。器械與火藥雖歲歲造作，然器械多以白鐵抵銅、火藥多以沙土搭入；臨時取用，百不當一。宜專委都司一員日坐局中，逐項簡察，道、府官仍不時親詣勘驗；必求精致，以圖實用。一、建復土堡。泉州安溪等處居民，自筑土堡營壘堅固；無事可以儲蓄，有警可以藏避。宜檄行各縣曉諭軍民，多置土堡。倘有外侮，彼此相援：真閩海久長之計也』。下部——議可，悉允行之。

（六月庚戌），總督兩廣兵部左侍郎張鳴岡言：『粵與閩、浙同一防倭也，而浙未嘗與夷市、閩市有往無來，彼瞭海上雙鳧亂飛，皆灣弧向之，無敢闖入；乃粵則與諸夷互市，而「謝絕」之難。市則夾帶，倭、夷雜處；而「辨別」之難。澳夷盤據內地，近且匿養倭奴以為牙爪；則「驅逐」之難。閩、廣奸人竄入澳中，搬唆教誘；則「堤防」之難。至近日白艚盛行：在閩者以販米為名，拒之則病鄰，而不拒則交通百出；在粵者以貿易為名，禁之則阻絕生理，而不禁則通澳、通倭——弊不勝究、法不勝設。然為地方弭隱憂，則必嚴禁曲防，毋姑息養亂之為得也』。章下所司——復議，從之。

（十月乙酉朔），浙江嘉興縣民陳仰川、杭州蕭府、楊志學等百余人潛通日本貿易財利，為劉河總練楊國江所獲；巡按直隸御史薛貞核狀以聞，因請申飭越販之禁：『一、巨海風浪，惟雙桅沙船可恃無恐。自嘉靖年被倭后，嚴禁寸板不許下海；后因鹽課失額，稍容濱灶小船樵捕補課。今直隸、浙江勢豪之家私造雙桅沙船伺風越販，宜盡數查出，不許違禁出海；則通倭無具，私販者無所施其計矣。一、江南與浙之定海、楚門、石塘、石浦、馬墓等處、江北之通州、如皋、泰州、海門等處互相往來，是在一體禁戢，使浙江之船不得越定海而抵直隸、江北之船不得越江北而走浙江，則通倭無路而鄰國不至為壑矣』。下部議可，從之。