十五年辛丑（清順治十八年、日本寬文元年），正月，駕在孟坑城外。二月，文選又竊疏永歷迎駕；永歷璽書答之曰：「不五、六日，設浮橋而速去矣」。及期，緬人覺而斷浮橋。大學士馬吉翔、司禮監李國泰挾駕自重，從官或謀殺二人奪駕，事發覺，吉翔等誣奏殺之（行在陽秋）。成功自金陵喪敗，地蹙軍孤，永歷蒙塵南裔，聲問不通，存亡難詳，然猶仿天佑天復故事，奉持正朔，將遷地謀恢復。先是，芝龍去臺灣后，日本邊民出沒海上，遞番據臺；而紅毛來借地于日本人，不可，紿曰：「愿假之才牛皮大，千金不惜」。許之；紅夷乃絲剪牛皮而連綿，規畫城地里許，曰：「是一牛之皮也」；遂據臺地（鄭成功傳。清尤侗外國竹枝詞詠呂宋曰：「當年失國一牛皮，何處天生金豆枝」。自注曰：「佛郎機以黃金求地如牛皮大蓋屋，王許之，乃剪牛皮相續為四圍，求地稱此，筑城居之，遂滅呂宋」。某事與荷蘭奪臺灣相類，蓋彼此傳聞之異耳）；與日本人約，歲分輸鹿皮三萬（香祖筆記）。紅毛筑安平、赤嵌二城（鄭成功傳），以夾板船為犄角；雖兵不滿千，南北土酋皆畏，聽其約束（香祖筆記）。設市于鎮城外，與商賈交易，殺土人不服者（鄭成功傳）。先是順治甲寅，日本甲螺郭懷一謀遂荷蘭人，事覺，懷一被殺于歐汪。歐汪在鳳山縣界。至是，日本甲螺何斌與紅毛酋長有隙（香祖筆記），走廈門，為成功盛陳「臺地沃野千里，為四省要害，橫絕大海，實霸王之區」；且言其可取狀。諸部皆難其險遠，成功大喜何斌言。三月，揚帆至鹿耳門，門水淺沙膠，纔容數武；此時水適漲丈余，成功得便，戰艦銜尾而進。紅夷大驚，以為自天而下。成功引兵登陸，攻赤嵌城（參取鄭成功傳、臺灣紀略），逼其酋歸一堡；歸一死守，攻之不克，環七鯤身逼之（鄭成功傳、香祖筆記）。五月，緬酋弟莽猛白弒兄代立，竊挾異志，紿百官渡河盟；既至，以兵圍之，殺武官沐天波、馬吉翔等凡四十二人，惟存永歷及宮眷（明史稿、行在陽秋）。八月，定國再攻緬，將迎駕，復為所敗；定國與文選皆引還（明史稿）。成功銅山將郭義、蔡祿降于清，刼張進，進不從而自殺。十月，清主棄市芝龍及其子孫在京者，殺無孑遺。命遷各省沿海居民，以絕鄭氏應接（鄭成功傳）。莆田黃獻臣著武經開宗，嘗稱芝龍曰：「我閩之有鄭飛虹也，胸羅數萬甲兵，氣吞八九云夢，東南半壁，倚為長城。念楚、廣、閩、浙煙水之區，乃鯨、鯢、鮫、鱷潛蹤之藪，散家貲巨萬，煉精卒數千。依水作營，鼓聲偕濤聲而夜發；臨淵布陣，旌影合帆影以星馳。剪紅夷群兇，褫天驕之魄于風霾，千里魚蝦收浪；殲大帽洞寇，犁夜郎之庭于雷擊，五路草木飛花。出不意而擒魁奇，驅水深火熱之慘；因敵謀而誅鍾進，得隨機應變之神；置死地而滅劉香，妙亡地能存之用。洪兵備忠肝義膽，當與先世之績共勒千秋；康巡撫拚死獲生，實藉將軍之功永垂百世，十余年養兵，不費公家一粒；四五郡凋敝，全資搬運諸艘。大將軍自保成功，擬修煉沙門，仿赤松遺意；圣天子軫恤民隱，重干城鎖鑰，舒南顧之憂。歷數古今名將，靖國難、建奇勛，代不乏才；至若自給兵糈，解君憂、蘇民困，千古一人而已！先生戰功，未易殫述；聊掇一二，以勵后學。自此而忠貞益篤，與國咸休，則在將軍勉之耳」。其說在芝龍未降清之前，而頗寓規箴云（武經開宗）。芝龍所著兵書有經國雄略（華夷變態）。十一月，吳三桂入緬甸境，通信于緬酋，使送駕出降。十二月，進兵舊晚坡，文選降，緬酋遂內叛，挾永歷及皇太后、皇后、太子、公主如三桂軍，三桂以駕南還（行在陽秋）。李定國數謀迎駕，兵少糧乏而不果，逃于孟良；以緬與古刺、暹羅為世讎，竊通一國，約犄角；兵將發，諜者告以三桂執帝；定國躃踴號哭，自擲于地，憤郁致病，七日而死。二國之師至，失望而還。定國所葬地，春草不生，蠻人過之，跪拜而去（求野錄）。茲月，成功復攻赤嵌城（鄭成功傳）。紅毛勢窮，以十余艘決戰。成功用火攻，盡焚之（香祖筆記。明清闘記云：「紅毛列大艦五艘于岸頭以御之，成功兵自船脅銃窗入，戰而奪之。紅毛船本是交易日本之船也，故一艘遁去長崎」。又曰：「紅毛乞援于咬吧。咬吧兵將謀謂，搗廈門虛以救臺灣，遂攻廈門；廈門留守洪旭等擊而走之」）；縱火于城板，歸一終不降。成功使告之曰：「臺灣，吾先人故地。地歸吾，珍寶諸物我無貪之，汝悉載去」。于是歸一降，送之還國。就居其城，改臺灣為安平鎮、赤嵌城為承天府，總曰東都。設府曰承天，縣曰天興、萬年；土酋皆受約束。既而聞清朝遷界令下，嘆曰：「沿海幅員上下數萬里，盡委而棄之；令吾無得茲一塊土，英雄無用武之地。然田廬為墟，墳墓無主，寡婦孤兒望哭天外，我如之何！但收拾余燼，息兵休農，以俟時至，猶未晚也」。于是制法律、興學校、計丁庸、養老幼，臺人大安（鄭成功傳）。初，芝龍之來往日本也，長崎尹末次刼政直與芝龍親，故政直遣人交易漳州，途必泊臺灣。及紅毛據臺灣，政直舶，奪貨物，船人遁回；政直大怒。時有浪士濱田彌兵衛者，欲為政直報怨，假農民一百、耕具若干于政直，率其子弟揚帆詣臺灣；誘紅毛曰：「臺地膏腴而民疏農桑事，往年嘗約來而共土人墾辟，故赍來耕具耳」。蘭人檢船中，耒耜外無攜寸鐵，蘭人不疑；延濱田父子三人詣赤嵌城，加此丹親詰問來意。濱田父子竊懷匕首，俄起斬殺數十人。濱田素諳蘭語，遂刼加比丹，責其無禮于日本。蘭人將放銃，濱田曰：「殺我不利加比丹」！加比丹遂恐懼伏罪，請十倍貨物以贖罪，且以愛子為質；濱田許之，滿載寶貨，拘甲螺子及紅毛數人而還。末次以事白幕府，幕府有命稱之，幽加比丹子于長崎獄。明年，加比丹來長崎謝過，質子已死于獄中，所拘蘭人歸之加比丹云（國史、鳩巢小說、長崎夜話草、華夷通商考。「加比丹」，國史作「錢羅留」，其說曰：「錢羅留猶言總兵」）。

十六年壬寅（清圣祖康熙元年、日本寬文二年），正月，駕在滇都（行在陽秋）。茲月，清主殂，謚曰體天隆運英睿欽文大德弘功至仁純孝章皇帝，廟號世祖；在位十有八年，壽二十四。遺詔立皇子玄燁為皇太子，釋服即帝位，改元康熙；時年八歲，是為圣祖仁皇帝。清中和殿大學士巴泰曰：「上沖齡踐祚，纘承丕緒，時明運已終，流氛肆虐，上應天順人，命將出師，一戰而克，奠鼎燕京，為天下生民主。王師所向，士女爭迎，以次底定，雖士勇兵強，進止方略悉稟圣謨，海宇廓清，用成一統業，武功赫奕，蔑以加焉。且上以上圣之資，承紀綱頹敗后，博采眾謀，監于成憲，禮樂刑政，罔不粲然明備，期以明作惇大之道，建久安長治之基，彬彬乎有唐虞三代之風矣」（三朝實錄）。二月，或譖忠勇侯陳霸于成功云，貳于清；成功令全斌討之，霸不戰而降于清（鄭成功傳）。四月，三桂嘗令八旗將士等護永歷。八旗將士三千將奪駕起兵，事發覺，三桂令人絞永歷及太子，并殺八旗將士。是時忽大風霾，黃霧彌天，雷電交作，空中有二龍蜿蜓而逝，滇民無不悲悼焉（求野錄）。初，魁楚、式耜等之推戴王也，太妃王氏曰：「吾兒仁柔，非撥亂才」；魁楚等固請而許之（明史稿）。每清兵至，王數出避，式耜苦諫不聽；式耜蹉跌而死，中興之業終不成矣（明季遺聞）。冥鴻氏曰：「帝以仁柔之資，際不可為之日，宗社板蕩，豺虎縱橫，懷、愍再辱，殞身賊手，天命既衰，人謀亦否，嗚呼痛哉」（也是錄序）！五月，成功病卒于臺灣，年三十九。清鄭亦鄒曰：「自世祖章皇帝王天下，東南夏肄，所在除滅。成功起自諸生，當日落虞泉，而猶屈強海外，欲遂魯陽之志。數十年之間，竊號永歷，違命倡義，旌旃所指，關河響動，明室遺民，未或非之。夫河東賜姓，猶留虛號，天水高廟，亦擁空名，成功非踵事增華者耶」！臺人以成功弟襲為護理（臺灣紀略，「襲」作「世襲」）。成功嘗令其子經居廈門；經頗耽聲色，與乳媼奸生子。成功治家嚴正，聞之大怒，遣使諭鄭泰殺經。諸部驚謂：「成功病革，必亂命，不可從；然子不可拒父、臣不可拒君，泰之于成功為兄行，兄拒弟可也」。克期將舉事，未發，成功沒。時清靖南王耿繼茂、總督李率泰以成功死，遣人貽書于經招諭。經復書云：「日在鷺、銅，多荷指教（按鷺銅，鷺門、銅山也）。今承惠書，益賜諭誨，所言尚是游說之后談也。思東寧偏隅，與夷落為伍，僻在海外，與版圖渺不相關，何必足問。至貴國寬仁無比，遠者不棄，其或然乎？然如方國安、孫可望等，豈非竭誠貴國者乎；而今何在？閣下倘以延攬英豪、休兵息民為念，即共飭部曲，互安邊陲；羊陸故事，敢不勉承。若夫疆場之事，一彼一此，勝敗之數，自有天在，得失難易，閣下自知，何煩予言」。泰竊包藏異心，與洪旭等議謂：「連年兵革，徙苦人民，不如往臺；為桑梓計，且權與清通好」。請之經，經議照朝鮮事例而與清交。令楊來嘉啟清，清主不報。經以全斌為五軍都督、陳永華為咨議參軍、馮錫范為侍衛，帥師往臺；黃昭、蕭拱辰奉襲拒經。臺之諸部，竊持兩端。十一月，昭會諸部攻經，大霧畫冥，經眾將潰；全斌力戰，經射昭殪，而霧適消日明，昭眾驚亂散去。經遂入臺，收殺桂應菁、曹從龍，余置不問，待襲如初（鄭成功傳）。經遂嗣位。復室廈門，以翁天佑為轉運使，任以廈門政。始建廟宇，興市肆，設街衢（臺灣紀略。按本書迭書癸卯歲者，衍文也）。

清圣祖康熙二年癸卯（日本寬文三年），永歷訃至于臺灣；經猶奉明正朔，稱永歷十七年。去歲黃昭之圖經也，鄭泰實與其謀，且將導清兵；至是事露，經偽不知，托故入澄，過金門置酒，邀泰縊之；泰子纘緒、弟鳴駿亡降清。籍泰家，積貲累巨萬（鄭成功傳。導清兵，據華夷變態）。初，成功以泰為戶官，掌轉運餉餉、諸洋貿易，其舶歲至日本長崎。至是經閱其貨籍，所交易銀貨寄積長崎者猶多；因貽書長崎尹云：「乞泰所托貸，以為滅虜資」。鳴駿亦貽書長崎尹曰：「兄泰無罪，經殺而奪貨。鳴駿將假清兵而討經報讎，兄泰所托于貴地貨，無付之經，而返賜我」。不報。后泰孫奎、鳴駿子按復奉書請之，于是長崎尹悉返給焉；龔二娘、黃熊守赍奎、按書并儀物來謝之（華夷變態）。泰黨皆降于清。清主于是說意南征；遣人約紅夷，合兵攻島（鄭成功傳）。十月，繼茂、率泰、滿帥郎賽，合紅夷出泉州，提督馬得功出同安，黃梧、施瑯出漳州（鄭成功傳、耿精忠傳），經令全斌御之。斌馳艨艟奮擊，往返如飛，紅夷炮不能中，諸軍不敢進，得功為斌所殺。既而大軍麕至，眾寡不敵，經退保銅山。清兵入島墮城，略寶貨婦女而去，兩島之民爛焉。十一月，杜輝降。十二月，寇云霄，為清王晉功所敗。

三年甲辰（日本寬文四年），三月，黃廷、周全斌、林順等皆降，獨永華、錫范等不改節。及經還臺，庶政悉委永華。永華為政頗雜儒雅，與民休息。改東都為東寧府，升天興、萬年二縣為州（鄭成功傳。東寧府，據臺灣紀略）；前后招納諸省兵民以實之（臺灣紀略）。分諸將土地，安居逸處，視無西意。

四年乙巳（日本寬文五年），清提督旋瑯疏請攻臺，拜靖海將軍；船至外洋，遭颶風，不克。清主招還瑯、全斌于京，其余歸降將駐之各省。