康熙十五年十一月乙酉，大將軍康親王杰書奏耿精忠降。杰書帥師抵延平，偽將軍耿繼美等以城降。精忠探知，大懼；隨遣其精奇尼哈番劉蘊祥等赴延平獻偽總統將軍印，續遣子顯祚來迎。杰書師抵福州，令侍讀學士尹泰赍免死敕諭以往；精忠于十月初四日率偽文武官出城迎降，獻所屬官兵冊籍。尋精忠請隨大兵立功贖罪，杰書以聞。上命精忠仍留靖南王爵，率伊屬官兵隨大兵征剿海逆，圖功贖罪。原任巡撫劉秉政等俱著來京，其藩下官及兩鎮標下武職仍留原任。兵丁照額設外，其余愿效力者分隸提鎮各標；愿歸農者，原籍安插。
丙戌，命京口將軍楊鳳翔等率師赴福建。上諭議政王等曰：大將軍康親王帥師定閩、進剿海寇，分兵守福州諸處，恐兵力未足；可于駐守江寧盛京兵內發七百人、自京發往京口漢軍兵內發五百人，令將軍楊鳳翔、署副都統岳爾多、孟安等率赴大將軍軍前，聽其調遣。又聞進閩大兵缺馬，即發內廄及兵部驛營馬共二千，選八旗官各一員送軍前散給；其送馬官沿途或有騷擾，許地方官指名參奏。
大將軍康親王杰書奏：官兵敗海賊于烏龍江南。海賊偽總統許耀率賊三萬余逼福州烏龍江南而陣，列十余營；都統拉哈達率兵進攻。十月十五日，渡江分隊奮擊，敗之于小門、真鳳諸山；盡破賊營，追奔四十余里。
丁亥，敕諭湖廣大將軍王、貝勒、大臣及諸將士。上諭湖廣大將軍王、貝勒、參贊大臣及官兵曰：我朝創業以來，凡滅寇開疆，動合機宜；將帥皆身先士卒，無不膚功立奏。逆賊吳三桂背恩反叛，朕念爾等宗室大臣簡閱官兵，委以南征，削平僭亂，拯救生民。今出師三年，未獲尺寸，坐失機會；使疆圉日偪、賊勢鴟張，縻餉困民，誤國孰甚！罪在王、貝勒、將軍、大臣，于眾官兵無與。今陜西、福建、江西、浙江雖漸底定，然賊渠三桂不誅，于事何濟？日者穆占在川、陜時，勞績茂著；茲特簡為征南將軍，命之討賊。爾等亦當同心戮力，殲寇拓疆，以副朕靖亂安民之意。慎勿妄分疆界，各顧部伍、互相推諉，仍蹈前失也。眾官兵自遣發后，為國效力，暑雨蒸濕，浚濠筑壘，晝夜枕戈，沖鋒冒刃，分防偵探，備極勞苦；朕悉知之。每念及此，深用惻然！爾眾官兵其念朕恤養之恩，益加用命；倘樹立功勛，朕不容優加爵賞。其各勉之！又諭：理藩院覽：大將軍順承郡王奏：蒙古兵丁抵荊日久，馬匹倒斃甚多。其以見在外藩王、貝勒等所獻之馬撥足一千九百匹，速行前往，用資征剿。
辛卯，命大將軍簡親王喇布等調兵剿醴陵、萍鄉賊。總督董衛國奏：臣偵知醴陵陷賊，隨啟大將軍簡親王遣副都統錫三領兵赴援；今賊復聲言犯萍鄉諸處。臣思瀏陽、醴陵皆前通長沙，乃江楚門戶；今為賊據，誠恐安親王孤軍深入又無援師，深屬可慮！上諭：醴陵、萍鄉為安親王大軍后路，所關匪細；副都統錫三雖已赴袁州，仍恐兵力單薄。今閩省已定，建昌諸處似可稍舒；大將軍簡親王及副將軍希爾根、總督董衛國等量調建昌、撫州、樂平、饒州、南昌諸處滿、漢官兵速赴袁州、萍鄉諸處，同錫三、揚古岱、趙應奎等協力剿賊，疏通道路。仍間道移會安親王：若可發長沙兵，量行速發夾剿。
丙申，命將軍穆占援長沙。先是，大將軍安親王岳樂赴長沙。上以我軍深入，滑賊吳三桂，必往來救援；敕大將軍順承郡王勒爾錦、貝勒尚善等揚聲進兵以牽其勢，不時偵探賊情，相機渡江進取。至是，總督董衛國、巡撫韓世琦、總兵官趙應奎等相繼奏言：三桂知長沙被圍，即遣馬寶、高啟隆由岳州星馳救應，又遣偽將軍胡國柱等入長沙固守；三桂亦自松滋擁眾來援長沙，屯岳麓山。上諭：荊、岳大將軍等違命不前，遲延時日，致逆賊得間四出應援。今荊、岳之兵安處日久，馬皆肥壯；著將軍穆占速赴湖廣簡選荊、岳、彝陵士馬，由岳州趨長沙接應安親王兵。若長沙軍無虞，或出彝陵取岳州、或由荊州渡江，便宜進發。
壬寅，趣諸將取吉安。先是，總督董衛國奏：醴陵陷賊，萍鄉危急。上諭：將軍哈爾噶齊、額楚等抵吉安數月，不能剿除逆賊、攻克城池，故逆賊乘間陷醴陵、窺萍鄉，恣意肆逞，覬斷安親王大兵后路。及提督趙賴等領兵赴援，又不能奮力協剿，玩日愒時，以致餉縻師老；徒擁重兵，惟務安居：殊誤大事。且屢檄簡親王喇布、副將軍希爾根，令其親統大師速赴吉安；乃借口南昌重地，逗遛不前。及屢次催趣，始行進發，又不多備炮藥、鉛子等物；至吉安，始言火藥不敷，遣人索取。即此觀之，顯誤大事。喇布等其速攻吉安，繼安親王大兵后路應援醴陵。至是，簡親王喇布等奏稱：省城及撫州、樂平諸要地汛兵單弱，總督董衛國又以上高、奉新諸處賊氛蜂起，求發援師；請調鄰省附近之兵前來防守。上諭：各路調集江西兵為數不少，簡親王喇布等不速取吉安，徒爾勞師縻餉；吉安一郡尚不能取，湖南逆賊何日得平？前理藩院郎中瑚什巴所領蒙古兵已遣赴江西，董衛國又身在省城；鄰省之兵，無庸調遣。至恢復長沙、平定湖南，皆賴吉安大兵接應；簡親王喇布、副將軍希爾根、將軍哈爾噶齊、額楚等仍遵前旨，速取吉安。若更遷延觀望，安親王大軍脫有疏虞，喇布等俱照坐失軍機例從重治罪，決不輕恕。
癸卯，命募補福建提、鎮標兵如原額。先是，大兵赴閩，提督段應舉請選調內地精兵隸其麾下，以資剿御；上命應舉與大將軍康親王、總督李之芳會酌調浙江綠旗兵以往。至是，大兵已抵閩。上諭：今大將軍康親王已抵閩中，剿除海寇正需兵力；該提督及隨征總兵官標兵，均如原額募補。
十二月壬子，命左都御史介山等赴福建參贊軍務。大將軍康親王杰書奏：臣率大兵平定閩疆，諸凡諮謀軍務及分兵留守事宜，不得不請增參贊之臣；乞皇上遣在京大臣二、三人前來參贊。又靖南王耿精忠見隨大兵征剿，其所部官兵家口在福州，統轄乏人；乞于額駙耿昭忠、聚忠二人內速遣一人同大兵鎮守。上諭：左都御史介山、侍郎吳努春參贊康親王軍務；以耿昭忠為鎮平將軍，駐守福州。
癸丑，命大將軍公圖海遣兵與河南蒙古兵更調。將軍布顏奏：臣所統兵八百人俱系蒙古，難于應機調遣；請發滿兵令臣兼轄，以資戰守。上諭：將軍布顏所統兵丁俱系蒙古，遇有緊急軍務，恐致稽延；見在陜西兵數頗眾，大將軍公圖海于滿洲漢軍兵內酌發四百赴河南府，令布顏統之。河南府所有蒙古兵分發四百人，令理藩院員外郎頗羅色率赴圖海軍前。
丙辰，敕大將軍康親王杰書等進剿海寇。大將軍簡親王喇布奏：偽將軍耿繼善等率賊數萬圍困南豐，海寇亦侵犯廣昌。上諭：大將軍康親王杰書疏言耿精忠及閩省官兵俱已歸降，廣信諸處亦皆向化，偽將軍等盡已調回；今江西南豐諸處耿繼善等何故仍行騷擾，康親王杰書及耿精忠察實奏聞。大兵抵福州日久，若不速行進剿海寇，則江西之賊勢難遽靖。王等速進兵平定興、泉、漳諸郡，或應遣兵從汀州夾攻；其相度機宜，分兵齊發。
丁已，敕諭尚之信。時之信欲降，自粵東具密疏遣人赍至大將軍簡親王喇布軍前，喇布以聞。上降敕諭之信曰：昔太祖皇帝肇造洪基，爾父航海歸誠，功猷茂著；后命駐防粵省，平定海疆。自吳逆叛亂以來，益矢忠藎，多方籌劃，屢建功勛；故特封爾父為親王，授爾為討寇將軍。正期克奮勇略，掃除賊逆；不圖粵省變亂，道路梗阻。今覽爾密奏，稱父子世受國恩，斷不敢懷異念，愿立功贖罪來迎大軍。知爾父子不忘報國，念篤忠貞；因事出倉卒，致成變異：朕心甚為惻憫！今特降旨，將爾已往之罪并爾屬下官兵概行赦免。倘能相機剿賊、立功自效，仍加恩優敘。爾當益竭悃誠，勉圖后效，以副朕始終曲全至意。
戊午，命副都統烏丹等赴將軍侯張勇等軍前議進兵機宜。大將軍公圖海奏：平涼、慶陽雖底定，漢中、興安尚為賊據。臣等議于來春進討，應先調綠旗官兵。提督孫思克量留兵守涼州，親統官軍來秦州；將軍侯張勇遣兵二千，亦赴秦州；提督趙良棟量留兵守寧夏，親統官軍來鳳翔；將軍王進寶遣兵二千，亦赴鳳翔：俱于明年正月二十日內如期而至。上諭：調兵征剿，事關重大；令副都統烏丹、員外郎馬爾漢等赴張勇、王進寶、孫思克、趙良棟等軍前，調遣綠旗官兵或如大將軍公圖海所調或作何調遣？將軍、提督等孰宜親往、作何前進？至恢復漢、興之時，應駐守其地或徑取四川？逐一公同確議，遣同往官員馳驛奏聞。
己未，遣督捕理事官麻勒吉招撫馬雄、線國安。侍郎覺羅舒恕奏：總兵官黃芳世自粵東至贛州，云尚可喜已病故；孫延齡為其部兵拘執，抄奪家產，共推線國安為帥。上論：馬雄、線國安皆曾受國厚恩，國安為孫延齡逼反；雄屢疏請救，因援兵不即至，亦勢迫從賊。今延齡既為其部兵拘執、抄奪家產，宜乘彼內亂，速行招撫。其招撫敕諭，內閣撰擬；令督部理事官麻勒吉赍赴大將軍簡親王軍前公同商酌，將敕諭抄錄，遣賢能人員持往曉諭。馬雄、線國安如有回音，麻勒吉即以奏聞。敕諭馬雄曰：爾世受國恩，勞績素著；鎮守西粵，綏厥巖疆。自吳三桂、孫延齡二逆反叛，整兵防御，力保孤城、邀執偽差，矢心報國。爾之忠貞，朕久已洞悉。后緣賊氛逼近，援絕勢單；當力難拒守之時，為暫爾自全之計：推原情事，諒非本懷。茲者各路大兵剿撫并用，平涼已經歸誠，王輔臣優加將軍，所屬官員兵丁照舊錄用；大將軍康親王統兵入閩，耿精忠悔罪來歸，仍授王爵，藩下官兵任用如故。每念粵西叛變，各官身陷賊中，自拔無由。以爾攄忠有素，簡任多年；追溯前勞，尤深軫惻！今特須專敕，宣諭朕意。爾果翻然悔悟、棄逆效順，將爾已往之罪并所屬官員兵丁悉行赦免，照舊錄用。若能剿寇立功，仍行加恩從優議敘。爾其勉勵忠貞，無懷疑懼，以負朕篤念勛舊至意。敕諭線國安曰：爾初隨定南王航海來歸，即授世職。以爾才勇堪任，補授粵西提督。開辟地方、剿御賊寇，著有勞績；優加伯爵，授為撫蠻將軍。后以告老謝事，孫延齡代領藩旅。值吳逆叛變，延齡狂悖無知，被惑構亂；道路阻絕，爾之聲息無聞，朕心時切軫念。每思定南王捐軀為國、盡節疆場，藩屬官兵俱受國家豢養、效力多年，必非甘心從逆。況爾宿將舊勛，忠貞素篤；料必感戴國恩，始終不渝。茲者各路大兵剿撫并用，平涼已經歸誠，王輔臣優加將軍，所屬官員兵丁照舊錄用；大將軍康親王統兵入閩，耿精忠悔罪來歸，仍授王爵，藩下官兵任用如故。惟粵西一隅，叛變未寧；即有忠節之士，無由自拔。以爾藩下舊臣，眾所推服，特頒專敕，宣諭朕意。爾其首倡大義，鼓勵群情。藩下大小官員及兵丁人等，如悔罪投誠、棄逆效順，已往之罪悉行赦免，照舊錄用安插。若能剿寇立功，仍行加恩從優議敘。爾其勉勵忠忱，勿懷疑懼，以負朕篤念勛舊至意。
庚申，加海澄公黃芳世太子太保，以黃藍為海澄總兵官。上諭兵部曰：海澄公黃芳世矢報國恩，不肯從逆；間關冒險，全節來歸：忠貞茂著。可加太子太保，鎮守漳州。黃籃屢次赍奏，忠勤可嘉。優擢為都督僉事，充海澄總兵官，并令馳驛赴大將軍康親王軍前；俟恢復漳、泉，收集海澄公標下官兵鎮守汛地。
壬戌，命送馬至長沙軍前。上諭兵部：長沙軍中少馬，可于每佐領下各選肥馬四匹，發往岳州，量撥八旗官兵護送。若將軍穆占由岳州進取長沙，則以此馬付彼，同大兵帶往，交大將軍安親王；若穆占不由岳州，則大將軍貝勒或即撥官兵送往，或移令安親王遣兵迎取：聽酌量以行。
己巳，趣將軍穆占進兵。大將軍簡親王喇布等奏：偽將軍率眾數萬來援吉安，距城二十里許。總督董衛國亦奏：賊自淥口抵攸縣界，聲言犯萍鄉，又云往援吉安；聞賊帥馬寶等率賊三、四萬已至永新、安福，并欲為吉安聲援。上諭：逆賊吳三桂知我荊、岳大將軍等斷不進兵，故身往常德調集賊眾，并力于長沙、吉安。將軍穆占速選荊州士馬相機前進，以分長沙、吉安賊勢，平定湖南。大將軍簡親王喇布等嚴飭所部，保固疆圉。
辛未，命裁耿精忠部下兩鎮兵。大將軍康親王杰書奏：耿精忠所部除編作佐領兵丁外，又有左右兩鎮兵；今福建經制兵及撫標兵俱如原額全設，精忠見率伊佐領下兵隨大兵征剿海寇，未為不足。今正節省糧餉之際，其兩鎮官兵應請裁革。又藩下總兵官曾養性又原任溫州總兵官祖宏勛，俱自溫州率兵至福州，宏勛應如劉秉政例，赴京候補。上諭：康親王身在地方，稔悉情形；請裁兩鎮官兵，俱如所奏。其裁退官兵，設法安插，務俾得所。祖宏勛令赴京師。
丙子，大將軍康親王杰書奏官兵復邵武。大兵抵延平，偽將軍耿繼善棄城走江西，海賊遂襲邵武。是月初四日，副都統伯穆赫林等自延平進兵浦塘隘口，大敗海賊偽總督吳淑等；又乘勝追擊，陣斬偽總兵楊大任等萬余人。初六日，偽將軍彭世勛以邵武降。