十二年正月，克向陽堡回巢。二月，復(fù)大通，崔偉、禹得彥等就撫，分起安插平?jīng)觥⑶匕病⑶逅忍帲魂悳洀?fù)巴燕、戎格、西寧，逆首馬桂源等伏誅。三月，白彥虎竄肅州，為徐占彪所敗，狂竄出關(guān)。四月，陳湜復(fù)循化、撒拉，叛回平。六月，請升固原州為直隸州，仍歸平慶涇道轄；增州判一，駐硝河城。下馬關(guān)設(shè)知縣、訓(xùn)導(dǎo)、典史各一，同心城設(shè)巡檢一，歸新設(shè)知縣轄。裁平?jīng)龈}茶同知，改設(shè)知縣一，增訓(xùn)導(dǎo)一；改原設(shè)照磨為典史，打拉城增縣丞一。下馬關(guān)新設(shè)縣名平遠(yuǎn)，鹽茶廳改設(shè)縣名海城，俱歸固原直隸州轄。七月，宗棠赴肅州督剿。時(shí)徐占彪由甘州高臺轉(zhuǎn)戰(zhàn)抵肅，盡平城外堡壘，破其外城。九月，復(fù)肅州，逆酋馬四等伏誅；關(guān)內(nèi)肅清。自是，甘、涼、安、肅一帶二千余里無回族聚處。捷聞，諭曰：『陜甘逆回?cái)_亂十有余年，勢極狓猖；自簡任左宗棠總督陜甘，數(shù)年以來；不辭艱苦，次第剿除。此次親臨前敵，督飭將士克復(fù)堅(jiān)城，關(guān)內(nèi)一律肅清；朕心實(shí)深嘉悅。自應(yīng)特沛殊恩，用昭懋賞。左宗棠著以陜甘總督，協(xié)辦大學(xué)士。該大臣前賞給騎都尉世職，著改為一等輕車都尉世職』。尋以關(guān)外回匪竄擾，派兵西進(jìn)；命宗棠督辦出關(guān)糧餉轉(zhuǎn)運(yùn)一切事宜。十月，覆陳金順一軍整頓需時(shí)，請派張曜十二營、副都統(tǒng)額爾慶額馬隊(duì)出關(guān)，并戶部堂官總司關(guān)外轉(zhuǎn)運(yùn)糧臺。奉旨：『轉(zhuǎn)運(yùn)采買，非得地方大吏辦理，呼應(yīng)不靈。該大臣素顧大局，朕所倚畀；不必再派部院大員；以期事權(quán)歸一。并命將兵事、餉事統(tǒng)籌全局，詳細(xì)奏聞』。十二月，奏言：『由肅州出嘉峪而西，本漢、唐師行大道。安西、玉門、敦煌近遭白逆擾掠一空，然使關(guān)內(nèi)之糧足供裹帶、車馱駝只足供周轉(zhuǎn)，出關(guān)之兵何憚不進(jìn)。安西抵哈密，計(jì)程十一站，千里而遙；經(jīng)由戈壁，無臺站、無水草，沙礫縱橫，人馬每多困躓。中間僅安西城北四站馬蓮井支帳小憩，以備汲飲，未可久留；過此七站抵哈密，為纏頭回族聚居之所。軍興以來，音耗闊絕；近被白逆竄擾，是否有糧采買，更無從知。臣前在肅與諸軍集議，分起次第行走，必先將甘、涼采買種料運(yùn)存肅州，又由肅州出關(guān)運(yùn)至玉門，然后頭起開拔至玉門；又用其私駝轉(zhuǎn)般玉門存糧赴安西，騰出官馱、官車轉(zhuǎn)運(yùn)第二起軍糧。而后第二起繼進(jìn)，余軍仿照辦理。比抵安西州作一停頓，又裹糧進(jìn)哈密。如此層遞銜接，人畜之力稍舒，士氣常新，可免意外之慮。至由哈密前進(jìn)糧運(yùn)事宜，斷非臣力所及。自古至今，未有運(yùn)涼、甘、肅之糧濟(jì)哈密以西軍食者。金順等至安西州般齊糧料，必一面遣人赴哈密，詢訪就近堪資采買者若干？以定進(jìn)止。如有可設(shè)措，不須轉(zhuǎn)般安西存糧，以節(jié)勞費(fèi)。張曜進(jìn)哈密，即藉資其糧。時(shí)距麥?zhǔn)熘谝喈?dāng)不遠(yuǎn)，后此續(xù)進(jìn)之軍相時(shí)而動，自可不誤師期』。又奏：『甘、涼、肅素稱腴地自諸軍戡定河湟，甘涼道路漸清；農(nóng)安耕獲，幸獲中稔。兩年探買，集有成數(shù)：通計(jì)涼、甘、肅三郡訂買市斗軍糧十六萬三千余石（石重三百余斤），給銀四兩，以供金、張、額三軍食用及運(yùn)糧車馱駝只。算至明年六月新熟，尚短糧料市斗二萬余石；擬括額征本色及各標(biāo)營季糧，陸續(xù)填補(bǔ)。涼州至安西千四百余里，路多沙石，轉(zhuǎn)運(yùn)宜駝，臣派弁出口采駝三千；暫以重價(jià)雇用民車，調(diào)集各營官贏，先后起運(yùn)。通計(jì)糧百斤，需銀十一兩七錢內(nèi)外。勞費(fèi)如此，若不籌撙節(jié)，動言用眾，恐官軍之餉運(yùn)不繼，糈臺之儲峙早空。不但后時(shí)不能保此不竭之源，即目前出關(guān)之師亦憂饑潰。自古關(guān)塞用兵，在精不在多；承平無事，官私充足時(shí)，尚不能用眾，矧禍亂十年，人物雕殘、財(cái)用匱絕之日乎？臣在肅時(shí)，汰疲乏冗雜以求精，資遣傷殘成廢弁丁以省累。察張曜一軍銳氣方新，作為頭起；金順一軍次之，額爾慶額又次之；宋慶一軍整理需時(shí)，俟明年秋后繼發(fā)。并擬于所部整銳足恃諸軍內(nèi)精選數(shù)營，屆時(shí)慎擇統(tǒng)將率之同行。如天之福，甘、涼、安。肅明歲豐稔，西師飽騰，再分起層遞而前，如行衽席；庶邊塞肅清，可操全算』。上嘉納之。

十三年正月，請甘肅省城添建貢院，與陜西分闈鄉(xiāng)試；并分設(shè)學(xué)政。二月，奏改甘肅茶務(wù)；略言：『國家按引收課，東南惟鹽、西北惟茶。鹽可改票，茶何不可？前擬仿淮鹽之例，以票代引；官商尚形裹足。應(yīng)改擬商販并招，正課照定例征收、雜課并歸厘稅項(xiàng)下征收；商販領(lǐng)票，先納正課。并添設(shè)南柜，招徠湖茶；其無票私茶，設(shè)卡盤驗(yàn)，令補(bǔ)領(lǐng)官票』。均下部議，如所請行。七月，授大學(xué)士，仍留陜甘總督任。八月，補(bǔ)東閣大學(xué)士。十一月，河州撫回閔殿臣復(fù)叛，檄劉錦棠討平之。

光緒元年三月，命以欽差大臣督辦新疆軍務(wù)。六月，宗棠奏陳籌劃情形；略云：『北路歸化、包頭至射臺、大巴一帶十?dāng)?shù)站，大巴至巴里坤十六站，產(chǎn)糧之處甚多，雇駝價(jià)亦平減。北局設(shè)于歸化，分局設(shè)于包頭；已運(yùn)四十余萬斤至巴里坤，每百斤合銀八兩內(nèi)外。寧夏采運(yùn)，雇駝數(shù)百，由察罕廟試行。俄國游歷官稱其國在山諾爾地方，距古城不遠(yuǎn)，產(chǎn)糧甚多；由俄代辦起運(yùn)送交古城，每百斤費(fèi)銀七兩五錢。比與訂定：年內(nèi)運(yùn)交二百萬斤、明夏運(yùn)足三百萬斤。南路肅州、安西二局存糧，趕緊灌運(yùn)。哈密報(bào)墾荒地萬九千余畝，獲糧數(shù)千石；新糧市價(jià)漸減，轉(zhuǎn)運(yùn)亦較易。由甘運(yùn)肅、運(yùn)安西，用車馱；由安西運(yùn)哈密、運(yùn)巴里坤，用駝只。節(jié)設(shè)廠局，浚水泉、刈草薪以利運(yùn)道，派員經(jīng)畫哈密、巴里坤、古城屯墾事宜。西路旗、綠諸營宜劃兵農(nóng)為二：精壯者束以營制，不任戰(zhàn)者散之為農(nóng)；庶營伍實(shí)、屯墾增。哈密、巴里坤、古城所駐各大臣就見在存營核定糧餉，如缺額過多，準(zhǔn)照舊額馬步就地挑募丁壯補(bǔ)碼；但令保守城隘，不必責(zé)以戰(zhàn)事』。上如所請行。八月，奏以劉錦棠率所部老湘全軍從征，并委總理行營事務(wù)。十二月，奏『整軍出關(guān)餉源涸竭，請籌借洋款一千萬兩』。下部議行。

二年二月，奏言：『幫辦軍務(wù)劉典抵蘭，臣與商定留防善后事宜，啟行而西。前路進(jìn)止機(jī)宜，面授劉錦棠相機(jī)辦理。巴里坤有數(shù)路可通安西，不由哈密，飭徐占彪駐之；張曜扼哈密，防吐魯番東犯之賊，庶后路常通，糧運(yùn)不匱。烏魯木齊踞逆，本地土回居多；白彥虎帶陜、甘逆回踞紅廟子、古牧地、瑪納斯等處，皆與南路踞逆安集延回酋帕夏通。自俄羅斯滅浩罕所部，安集延獨(dú)免。同治四年乘回部之變，入踞喀什噶爾及各回城；于是吐魯番辟展以西，土回附之。官軍出塞，宜先剿北路烏魯木齊之賊，而后加兵南路。臣年六十有五，豈思立功邊域，覬望恩施；顧事有萬不容已者。乾隆中，準(zhǔn)部既克，即平回部，于各城分設(shè)軍府，然后九邊靖謐者百數(shù)十年。今雖除異世殊，不必盡遵舊制；而伊犁為俄人所據(jù)，喀什噶爾各城為安集延所據(jù)，事平后應(yīng)如何布置，尚費(fèi)綢繆。若此時(shí)即置之不問，似后患環(huán)生，不免有日蹙百里之患』。奏入，上嘉宗棠公忠體國，力任其難；所陳賊勢、軍情，了如指掌。命隨時(shí)相機(jī)籌辦，奠定西陲，為一勞永逸之舉。三月，宗棠駐軍肅州，劉錦棠率所部分起出塞。閏五月，于古城取齊。六月，與金順會師阜康，拔黃田賊卡，克古牧地賊巢，乘勝復(fù)烏魯木齊、迪化州、昌吉呼圖壁及瑪納斯北城。宗棠檄錦棠布置后路，進(jìn)規(guī)南路，達(dá)阪城；張曜取道七克騰木，徐占彪由木壘河搜捕而進(jìn)，會師辟展，以規(guī)吐魯番，由錦棠酌定師期。九月，克瑪納斯南城，北路肅清。

三年三月，徐占彪會張曜部將孫金彪克辟展、魯克沁、哈拉和卓城，會湘軍部將羅長祜復(fù)吐魯番滿漢城，劉錦棠克達(dá)坡、托克遜兩城。四月，逆酋帕夏阿古柏仰藥自斃；子海古拉負(fù)尸西竄，為其兄伯克胡里所殺。宗棠以聞，得旨：『關(guān)外軍情順利，吐魯番等處收復(fù)后，南八城門戶洞開，自當(dāng)乘勝底定回疆，殲除丑類，以竟全功。其即統(tǒng)籌全局，直抒所見，以慰廑念』。六月，宗棠奏言：『重新疆者，所以保蒙古；保蒙古者，所以衛(wèi)京師。西北臂指相聯(lián)，形勢完整，無隙可乘；若新疆不固，則蒙部不安，匪特各邊防不勝防，即直北關(guān)山將無晏眠之日。況俄人拓地日廣，由西而東萬余里，與我北境相連，僅中段有蒙部為之遮閡，尤不可不豫為綢繆。今北路止伊犁未收，南路已復(fù)吐魯番全境；惟白彥虎率其余黨偷息開都河西岸，喀什噶爾尚有叛弁逃軍，終須兵力。此外各城，則如去虎口、投慈母之懷，無更抗顏行者。新秋采運(yùn)，足供鼓行而西；且剿且撫，無難挈舊有疆宇，還隸職方。安集延、布魯特諸部落，則等諸邱索之外，聽其翔泳故區(qū)。俄人方爭土耳其，與英相持；我收復(fù)舊疆，兵以義動，設(shè)有意外爭辯，在我仗義執(zhí)言，決無撓屈。竊以為地不可棄、兵不可停，餉事匱絕，非速復(fù)腴疆，無從著手。至省費(fèi)節(jié)勞，為新疆畫久安長治之策，紓朝廷西顧之憂，則設(shè)行省、改郡縣，其事有不容已者』。奏入，上諭令督飭將士戮力同心，克期進(jìn)剿；并揆時(shí)度勢，將如何省費(fèi)節(jié)勞為新疆計(jì)久遠(yuǎn)之規(guī)，與擬改行省郡縣，一并通盤籌劃具奏』。七月，劉錦棠由托克遜進(jìn)師。九月，復(fù)喀喇沙爾、庫車等城。十月，復(fù)阿克蘇、烏什等城。十一月，復(fù)葉爾羌、和闐、英吉沙爾、喀什噶爾等城；安集延賊黨及陜、甘、新疆逆回悉數(shù)誅戮，南路回疆肅清。

四年二月，捷聞，諭曰：『左宗棠督辦新疆軍務(wù)，剿撫兼籌，定議先規(guī)北路，首復(fù)烏魯木齊，以扼其總要；旋克瑪納斯數(shù)道，并進(jìn)規(guī)復(fù)吐魯番等城，力爭南路要隘。然后整隊(duì)西行，勢如破竹，見在南八城一律收復(fù)。允宜特沛殊恩，用酬勞勛。左宗棠籌兵、籌餉，遍歷艱辛，卒能謀出萬全，膚公迅奏；著加恩由一等伯晉為二等侯』。尋有旨：『仍用「恪靖」字樣』。三月，宗棠疏辭至再；上溫諭勉之。十一月，奏逃匿俄境陜回分道寇邊，截剿凈盡。十二月，奏阿克蘇纏回聚眾謀叛，安集延逆目阿里達(dá)什入卡謀逆，均剿捕竣事。

五年三月，奏安集延、布魯特兩部合謀入寇，劉錦棠大破之，十月，奏賊酋復(fù)犯邊，追剿大勝；并請以劉錦棠幫辦新疆軍務(wù)。從之。

六年四月，『奏新疆善后事宜，以修浚河渠、建筑城堡、廣興屯墾、清丈地畝、厘正賦稅、分設(shè)義塾、更定貨幣數(shù)大端為最要，已次第興辦，兼推行蠶桑之利』。奉旨：『所陳井井有條，皆地方切要事務(wù)。既已漸著成效，即著認(rèn)真經(jīng)理，以期次第就緒，教養(yǎng)有資』。又履陳新疆開設(shè)行省事宜；下部議，如所請。是月，以俄人未交還伊黎，宗棠督師出屯哈密。七月，上諭：『左宗棠奏：見已行抵哈密；關(guān)外軍務(wù)，諒經(jīng)布置周詳。見在時(shí)事孔艱，正須老于兵事之大臣，以備朝廷顧問；左宗棠著來京陛見，一面慎舉賢員堪以督辦關(guān)外一切事宜者，奏明請旨，俾資接替』。九月，命通政使劉錦棠督辦新疆軍務(wù)，宗棠交卸啟程。

七年正月入覲，命管理兵部事務(wù)，在軍機(jī)大臣上行走，并總理各國事務(wù)衙門行走。二月，奏請教練旗兵、興修畿輔水利；詔允行。七月，因病屢請開缺，上一再慰留。九月，授兩江總督，兼辦理通商事務(wù)大臣。宗棠請回籍省墓，并便道查閱長江水師。十二月，抵任。

八年三月，籌辦導(dǎo)維入海水利工程，修復(fù)淮南通泰場地堤墩。四月，奏請興復(fù)淮鹺引地；為川、鄂兩省總督奏格，不果行。十一月，奏開采銅山縣屬煤鐵、酌減稅銀；從之。

九年，山東教匪王覺一等謀逆，飭將弁緝獲匪目，解散余黨。三月，出省勘收大江下游及朱家山、赤山湖水利工程。時(shí)法蘭西兵擾越南，奏籌辦海防機(jī)宜；略言：『自古談邊防者，不外戰(zhàn)、守、和三事。要必能守，而后能戰(zhàn)；能戰(zhàn)，而后能和。吳淞為進(jìn)黃浦江之口，系蘇、松門戶。敵船若不進(jìn)黃浦，即由崇明趨狼、福山，徑入長江；長江海口，應(yīng)以狼、福山為第一要隘，江陰次之。臣因驗(yàn)工之便，會集各營將領(lǐng)熟商布置添造炮船、修理炮臺，庶期有備無患』。詔嘉之。七月，因越南告警，請令前福建布政使王德榜募勇出關(guān)助剿，并請緩開龍江、西新、滸墅各關(guān)。詔如所請。十月，因病奏請開缺；賞假兩月。