五年正月，賞雙眼花翎。宗棠班師回閩，續(xù)辦各屬土匪，一律肅清。五月，奏請(qǐng)?jiān)O(shè)立船廠，試造輪船。略云：『東南大利在水而不在陸，自廣東、福建而浙江、江南、山東、直隸、盛京以迄東北，大海環(huán)其三面；江河以外，萬水朝宗。欲固海防，非輪船不可。無事之時(shí)，籌轉(zhuǎn)漕，則千里猶在戶庭；籌懋遷，則百貨萃諸廛肆。有事之時(shí)，籌調(diào)發(fā)，則百粵之旅可集三韓；籌轉(zhuǎn)輸，則七省之儲(chǔ)可通一水。匪特巡洋緝盜有必設(shè)之防，用兵出奇有必爭(zhēng)之道也。國(guó)家建都于燕，津、沽實(shí)為要鎮(zhèn)。自海上用兵以來，泰西各國(guó)火輪兵船直達(dá)天津，藩籬竟成虛設(shè)；星馳飆舉無足當(dāng)之，非急造輪船不為功。船廠之地，臣已擇定福建羅星塔一帶地方，開槽浚渠，水清土實(shí)。先購(gòu)機(jī)器一具，巨細(xì)畢備；覓雇西洋師匠與之俱來。先以機(jī)器造機(jī)器，積微成巨、化一為百。機(jī)器既備，成一具輪機(jī)，即成一船；成一船，即練一船之兵。比及五年，成船稍多，可以布置沿海各省，遙衛(wèi)津、沽。由此更添機(jī)器，觸類旁通：凡制造槍炮、炸彈、鑄鐵、治水有益生民日用者，均可次第為之。計(jì)五年內(nèi)，約費(fèi)不過三百余萬兩。如能辦理得人，以后必多獲益』。得旨：試行。八月，調(diào)陜甘總督。九月，奏陳閩浙兵制，請(qǐng)減兵加餉，就餉練兵；下部議行。十月。奏陳臺(tái)灣吏事、兵事，宜早綢繆；略言：『臺(tái)灣設(shè)郡之始，由內(nèi)地各標(biāo)營(yíng)調(diào)兵更番戍守，三載為期；用意深遠(yuǎn)。自班戍之制不行，有冊(cè)無兵，戰(zhàn)船無一存者。自道標(biāo)裁撤，遇有剿捕事宜，文員不得不借重武營(yíng)；一任其虛冒侵欺，莫敢究詰。吏事，則官索陋規(guī)、民好械斗。宜復(fù)班兵舊章，三年更戍。仍設(shè)道標(biāo)，俾有憑借；申明鎮(zhèn)兵歸道察看之例，互相維制。移修船之費(fèi)制船，巡洋募練水兵；永革鎮(zhèn)、道以下陋規(guī)，別籌辦公津貼。生番有心內(nèi)附，宜弛墾荒之令，齒于編氓』。上悉嘉納。又奏薦丁憂在籍前江西巡撫沈葆楨接辦船廠事宜。詔嘉宗棠『于輪船船廠事在必行，不以去閩閣置；沈毅有為，能見其大』。尋奏報(bào)交卸西征，請(qǐng)命前浙江按察使劉典幫辦陜甘軍務(wù)。允之。十一月，請(qǐng)各省協(xié)餉，由部議撥定實(shí)款。

六年正月，奏陳籌辦情形；略云：『臣舊部得力將領(lǐng)，除已授實(shí)缺外，均奏署要缺；鎮(zhèn)將若檄調(diào)隨征；閩省空虛可慮。故攜以同行者，僅三千余人，劉典亦僅令選募舊部三千人；初意南人用之西北非宜，祗可多挑營(yíng)官、哨長(zhǎng)之才。入秦后，將陜、甘見存兵勇分別汰留，而勻撥膽技稍優(yōu)弁勇充當(dāng)親兵護(hù)哨，編列成營(yíng)，以倡其勇敢之氣；庶臣糧可資節(jié)省，陜、甘饑軍漸有位置。以地形論，中原為重，關(guān)隴為輕；以平賊論，剿捻宜急，剿回宜緩；以用兵次第論，欲靖西陲，先清腹地。然后客軍無內(nèi)顧之憂，餉道免中梗之患。謹(jǐn)一面采買口馬練習(xí)馬隊(duì)，俟所調(diào)各軍取齊，由襄、樊出荊紫關(guān)，經(jīng)商州赴陜，沿途遇賊即擊。抵陜后，增練馬隊(duì)，設(shè)屯田總局；相度秦、隴要隘，有水草可田牧者，開設(shè)屯田。汰陜西各營(yíng)疲冗，愿留屯田者，編入冊(cè)籍，指地屯牧；不愿留者，資遣。然后軍制明而內(nèi)訌可免，屯事興而軍食漸裕。甘省回多于漢，蘭州省會(huì)形勢(shì)孤立，非駐重兵不能守；駐重兵，則由東分剿各路兵分見單，不克挾全力與俱一氣掃蕩。將來臣軍入甘，應(yīng)先廓清各路，分別剿撫；俟大局戡定，然后入駐省垣，方合機(jī)局。是故進(jìn)兵陜西，必先清關(guān)外之賊；進(jìn)兵甘肅，必先清陜西之賊；進(jìn)駐蘭州，必先清各路之賊。然后餉路常通，師行無梗。至兵事利鈍、進(jìn)止久速，非熟審彼己長(zhǎng)短之形、饑飽勞逸之勢(shì)，隨機(jī)立斷不能；未可臆度而遙決也。臣于西北兵事未曾經(jīng)歷，所部均南方健卒，捻、回伎倆并無聞見；若不慎之幾先，加以迫切。誠(chéng)恐所事無成。伏愿皇上假臣便宜、寬以歲月，勉竭駑鈍，次第規(guī)畫，以要其成；剿捻、剿回，均惟事機(jī)所在』。奏入，上嘉其洞中竅要，授為欽差大臣，督辦陜甘軍務(wù)。四月，追擊鄂捻任柱、賴汶洸于隨州、樊城，與劉典等軍分道入關(guān)。奉旨以『捻逆張總愚一股屢為陜軍痛剿，逆焰已衰；宗棠入關(guān)后，務(wù)與提督劉松山等軍會(huì)合夾擊。就地殄除』。維時(shí)捻逆方竄渭北，官軍屢敗之；宗棠慮其回竄鄂、豫，飭諸軍扼渭駐營(yíng)，杜其偷渡；督飭山西按察使陳湜辦理河防。八月，捻逆渡涇東竄，官軍大舉圍逼。十月，捻逆入北山；分股狂奔，陷延州、綏德；回逆同時(shí)狓猖。宗棠自請(qǐng)嚴(yán)議；坐降二級(jí)留任。十一月，捻逆由宜川渡河南竄。宗棠親督劉松山、總兵郭寶昌諸軍入晉兜剿。請(qǐng)旨敕劉典等暫行督辦陜省剿回事務(wù)；并以調(diào)度無方，自請(qǐng)從重治罪。奉旨：革職留任。十二月，捻逆竄衛(wèi)輝。宗棠取道翼城東趨入直，劉松山等繞出賊北，向南壓剿。

七年正月，捻逆竄衡水、定州。上以宗棠未能將捻股在陜殲除，致令竄擾畿輔，交部嚴(yán)議；尋降二級(jí)留任。捻逆竄保定，劉松山等軍追至；得旨：嘉獎(jiǎng)優(yōu)敘。宗棠抵獲鹿，命總統(tǒng)見到各省官軍。宗棠督飭諸軍，破賊獻(xiàn)縣、深州、束鹿、博野、深澤、饒陽(yáng)、肅寧等處。二月，捻逆渡滹陀；諭宗棠迅督前敵諸軍追剿，破賊封邱、滑縣，衛(wèi)輝、延津、臨清等處。四月，捻逆回竄東光吳橋。上以宗棠等追軍落賊后，調(diào)度無方，交部議處；責(zé)令繞前兜擊。閏四月，以未能依限滅賊，交部嚴(yán)議。宗棠以黃、運(yùn)兩河增漲，與欽差大臣李鴻章等會(huì)籌沿運(yùn)筑墻，且防且剿；各軍迭獲大勝。七月，官軍蹙賊于徒駭河，張總愚投水伏誅；捻匪平。詔以宗棠追剿尚屬迅速，抵直隸后督軍截?fù)簟⒍笫剡\(yùn)防，亦頗嚴(yán)密；開復(fù)迭次降革處分。旋賞太子太保銜，照一等軍功議敘。宗棠力辭；諭曰：『據(jù)左宗棠奏：追剿無功，難以忝竊；請(qǐng)收回成命。覺其情詞，甚為懇摯；惟國(guó)家論功行賞，自有常經(jīng)。該大臣其勉效馳驅(qū)，用副委任，毋許固辭』。八月，入覲；賜紫禁城騎馬。覆陳晉省防務(wù)，請(qǐng)敕山西巡撫、綏遠(yuǎn)城將軍憑河設(shè)防，嚴(yán)密布置，以免罅漏；陜、甘餉絀，請(qǐng)敕軍機(jī)大臣、戶部指撥實(shí)餉。允之。九月，奏言：『陜、甘每年，缺餉，總在四百余萬兩。茲捻氛凈掃，各省解嚴(yán)；節(jié)出之餉需、贏余之厘金洋稅不下千余萬兩，用東南之財(cái)賦、贍西北之甲兵，此可為陜、甘常年經(jīng)費(fèi)請(qǐng)者也。諭旨允軍機(jī)大臣、戶部之請(qǐng)，撥各海關(guān)六成洋稅項(xiàng)下銀百萬兩，為臣西征實(shí)餉；請(qǐng)?zhí)崆皡f(xié)解，以應(yīng)急需。如未能如數(shù)，由各督、撫出具印票，交上海轉(zhuǎn)運(yùn)局員轉(zhuǎn)向洋商借取見銀解陜。此項(xiàng)未到之前，懇敕山西撫臣于河?xùn)|鹽課項(xiàng)下丁，無論京協(xié)各款提撥二十萬兩；臣得一意經(jīng)營(yíng)，別無顧慮。至陜、甘全局安危，不爭(zhēng)一時(shí)兵事利鈍；一面用兵，一面即須籌辦善后，庶幾一了百了。懇恩敕籌陜、甘常年實(shí)餉，每歲于洋稅、厘金項(xiàng)下劃提實(shí)銀四百萬兩分給陜、甘，酌時(shí)勢(shì)之緩急，定協(xié)餉之多寡。臣當(dāng)盡心力所能到，黽勉圖維，與西事相終始。期挈全境還之朝廷，斷不敢或作、或輟，虛負(fù)恩知；亦不以余粟、余財(cái)，自污素節(jié)』。下軍機(jī)大臣、戶部議行。十月，抵西安。時(shí)陜省東北延、榆、綏各屬土匪游勇所在紛擾，與甘回相附麗。西南回匪踞寧州董志原為老巢；北接慶陽(yáng)、南連邠、鳳、東北達(dá)鄜、延；逆回楊文治、白彥虎、馬長(zhǎng)順、禹得彥、崔偉、馬正和、陳林、馬正剛、馬生彥、馮均福、鄒阿渾、余彥祿等十八頭目（號(hào)十八營(yíng)），四出剽劫。宗棠部署諸軍，分道逼剿。白彥虎等分股掠食，破之鄜州洛川中部、隴州、甘泉、邠州、汧陽(yáng)、宜君、三水、涇州、清澗等處，劉松山等破土匪十?dāng)?shù)萬于綏德、靖邊，降其魁董福祥、李雙良、張俊，榆、綏肅清。

八年二月，董志原回逆傾巢出犯，大敗之；賊棄巢竄靈州，慶、涇肅清。四月，奏言：『此時(shí)最急者，乘時(shí)耕墾、擇要興屯，以活遺黎，以儲(chǔ)軍食；軍民漸有固志，乃可徐圖進(jìn)取。駐軍董志原，扼秦、隴關(guān)鍵；駐軍秦州，通蘭州餉道；駐軍正寧、寧州間，為進(jìn)慶陽(yáng)之謀；駐軍涇州，為通平固之漸。皆主固泰規(guī)隴，不敢造次』。上嘉其老成持重，仍諭令乘勝進(jìn)剿。五月，奏『搜捕各匪凈盡，陜西肅清。宗棠進(jìn)駐涇州，遣劉松山由北路進(jìn)定邊花馬池，截寧、靈之賊；道員魏光燾等由中路出寧州，向環(huán)慶；提督雷正綰等趨華亭，規(guī)平?jīng)觯恢袝鴧鞘窟~等由南路寶雞，趨秦州；提督馬德順等駐靈臺(tái)，策應(yīng)南北兩路』。并陳甘餉窘迫，請(qǐng)敕各省力籌協(xié)餉，遴員署府、州、縣，辦理賑墾撫輯事宜，請(qǐng)敕部勿拘成例。均從之。時(shí)陜回竄靈州者，散布黑城子、預(yù)望、同心各堡；金積堡回酋馬化漋修陽(yáng)為歸順，代稟求撫，仍資以糧米、馬械，嗾使抗拒官軍。五月，南路進(jìn)剿河州竄回連勝，賊遁歸巢，蘭州運(yùn)道漸通。八月，奏言：『陜、甘逆回萃于寧夏所屬平羅、靈州、中衛(wèi)一帶，其東竄纏金之賊，提督張曜擊之沙金、托海、磴口，解阿拉善定遠(yuǎn)重圍，窮追至廣宗寺，復(fù)進(jìn)賀蘭山，距寧夏不遠(yuǎn)；提督宋慶，擊退鄂爾多斯及五勝札薩等旗之賊；都統(tǒng)金順，行近磴口；劉松山抵花馬池。北路兵力已厚，邊內(nèi)外漸可肅清，南路亦漸有肅清之望，中路平?jīng)龈畬俟淘员保兓鼗阈舾盃I(yíng)求撫者，指荒絕地畝，隨時(shí)安插。鹽茶廳民張貴踞莊浪縣丞轄境威戎、鎮(zhèn)水、洛城等堡，聚眾二十人營(yíng)，與鎮(zhèn)原匪首孫百萬勾結(jié)，為平?jīng)觥⑶刂菀淮蠡肌O百萬就擒，張貴謀變益急：見派兵直搗賊巢，并搜剿踞秦安、神峪河另股回逆。如能迅速蕆事，再分兵進(jìn)剿寧?kù)`、河狄逆回，甘肅大局可期復(fù)振。此臣規(guī)畫度隴之大略也』。是月，道員黃鼎、總兵簡(jiǎn)敬臨平威戎、鎮(zhèn)水、洛城賊巢，張貴及其黨侯得應(yīng)就擒。宗棠檄中路官軍掃蕩而北，劉松山由花馬池抵靈州；檄馬化漋諭甘回，毋妄動(dòng)；遂剿陜回于郭家橋一帶，毀其巢，進(jìn)據(jù)下橋，陜回竄吳忠堡。馬化漋嗾甘回?fù)錉I(yíng)索戰(zhàn)，松山擊退之；旋臺(tái)陜回大股來犯，官軍迭勝。馬化漋嗾靈州甘回襲踞州城，以松山殺降激變，央總兵胡昌會(huì)具稟署陜甘總督穆圖善；穆圖善與綏遠(yuǎn)城將軍定安以聞，諭宗棠查明具奏。宗棠奏言：『馬化漋陰賊險(xiǎn)狠，天下共知。自就撫后筑寨修堡、購(gòu)馬造械，與陜回相首尾。西寧、河狄各回民無不仰其鼻息，寧?kù)`一帶周數(shù)百里漢民幾無遺類；婦女產(chǎn)業(yè)均歸金積堡，老弱死亡、壯丁為其傭工佃雇。失此不圖，張駿、元昊之患必見諸異日。臣此時(shí)扶同徇飾以負(fù)皇上，將來蒙旨詰責(zé)，死有余辜。自來辦賊之法，先剿后撫；辦回，則以撫為先。回所藉以為亂端者，漢與回有異視也。非宣布朝廷德意：分良、匪，不分漢、回，則賊有詞以脅其黨眾，將剿不勝剿。然一于主撫，賊必以撫愚我，陰集黨眾蠶食漢民，又將撫不可撫。竊恐漸漬既久，不至如云南撫回、為回所制不止。臣以為非俟其畏剿之極、誠(chéng)心乞撫，未可漫然允之。見仍飭各軍前進(jìn)，一切剿撫機(jī)宜，俟劉松山察酌實(shí)局核奏；不敢草率從事，貽陜、甘異日之憂』。上諭：『馬化漋屢以求撫為詞，而賊中修寨、掘濠并未少息；若不痛加剿擊，為患更深。著飭該提督乘此聲威，合隊(duì)進(jìn)剿；如有真心悔罪、赴營(yíng)求撫者，亦著該提督相機(jī)辦理』。先是，馬化漋漋遣共黨嗾白彥虎、楊文治等竄固原州，阻官軍北行；提督雷正綰、黃鼎等破走之。九月，破黑城子李旺堡，斬楊文治，陜回西竄；其預(yù)望城、同心堡甘回乞撫，宗棠遣員分別辦理。劉松山復(fù)靈州，破城外寨堡，大勝數(shù)十次，毀吳忠堡寨略盡，金積堡賊勢(shì)愈蹙。十月，宗棠進(jìn)駐平?jīng)觥?

九年正月，西竄陜回崔偉、禹得彥等勾結(jié)河狄逆回，竄禮縣、寧遠(yuǎn)，北趨半角城、黑城子等處；中路、南路官軍截?fù)簦髣佟ｊ惲值雀Z金積堡，劉松山破走之；馬正剛竄入陜西三水，宗棠調(diào)陜防諸軍擊之。以未能先事豫防，自請(qǐng)嚴(yán)議；得旨：降三級(jí)留任。是月，劉松山中炮陣亡，奏請(qǐng)以松山兄子道員錦棠加三品卿銜接統(tǒng)其軍。回逆乏食四竄；二月，總兵周紹濂敗之預(yù)望城，斃馬正和。三月，陜軍截剿竄回，斃馬正剛，余匪追殺殆盡；陜西復(fù)清。六月，南路官軍復(fù)渭源、狄道，克牟佛諦堡。七月，中路官軍奪峽口，據(jù)秦、漢、馬連三渠之首，合圍金積堡。十月，宗棠六十生辰，奉旨賞壽，并御書扁額。十一月，劉錦棠等克金積堡，馬化漋就擒；尋伏誅，寧?kù)`肅清。捷聞，詔開復(fù)宗棠降三級(jí)留任處分，賞加一騎都尉世職。十二月，金順、張曜會(huì)克王疃回巢，毀通貴回堡，克納家閘回巢。

十年正月，安插就撫陜回于華亭縣屬化平川，請(qǐng)?jiān)鲈O(shè)化平川廳通判、化平營(yíng)都司各一；督飭諸軍搜鋪余匪，遞運(yùn)三月糧草，進(jìn)規(guī)河州。七月，宗棠進(jìn)駐靜寧。時(shí)肅州撫回復(fù)叛，諭宗棠酌量撥兵策應(yīng)；宗棠檄提督徐占彪率十二營(yíng)赴之。八月，河州諸軍奪康家?guī)r要隘。十月，渡洮，克三甲集回巢。

十一年正月，河州叛回乞撫。二月，請(qǐng)改寧夏府水利同知為寧?kù)`廳撫民同知，駐金積堡；增靈武營(yíng)參將一。五月，復(fù)河州，分起安插續(xù)撫陜回于平?jīng)觥?huì)寧、靜寧、隆德、安定等處。六月，搜捕零匪凈盡，甘南肅清。七月，宗棠進(jìn)駐蘭州。八月，劉錦棠進(jìn)規(guī)西寧，迭破白彥虎等。十月，復(fù)西寧。