從東漢末年開始，我國再一次出現各種勢力割據一方的局面。
即使在這種情況下，受漢王朝重視的儒學思想依然受到當時國人的重視，但此時其他思想派別也大量涌現，這些思想的出現對儒學的發展也帶來了很大的影響。
一、總論
魏晉南北朝時期，受當時政治社會等因素影響，儒學出現了南學和北學之分。
同時，這一時期佛學、玄學的興起也一方面對儒學產生了沖擊，激起了如佛之爭、儒玄之爭等爭論，另一方面也促進了儒學研究范圍的擴展。
儒學發展
漢朝滅亡以后，我國歷史進入三國兩晉南北朝的封建割據時代。首先是在漢魏之際，曹操崛起于北方，其所遵循的思想和采取的政治措施皆為名法之治而重道德名節，從而影響了整個時代。
在思想理論上，體現道法結合的刑名之學曾一度占據主導地位。
到了魏晉之際，道法的結合逐漸趨于破裂，以道家思想為骨架的玄學思潮開始揚棄魏晉早期的名法思想，轉而批評儒法之士。這樣，魏初在道法結合的基礎上形成和發展起來的玄學進一步得到強化。
到了西晉后期，玄學思潮同極端發展，至此，玄學所主張的放達，無論從理論上，還是從行為上，都對封建政權構成破壞瓦解的作用，故引起玄學內部及儒家學者的不滿，從而掀起對道家和玄學的批判思潮。
到了東晉時期，佛教的流行，特別是佛教般若學的發展，在很大程度上是借助于道家、玄學的思想、語言及方法，故出現玄佛合流的趨向。
因此，這一時期的儒家學者，除繼續批判道家、玄學外，又以儒家的入世主義和人文傳統批評佛教。他們站在維護儒家名教的立場上，分別從經濟、政治、思想、文化、倫理等方面清算佛教的影響，力圖恢復儒學的正統地位，但都缺乏足夠的理論系統和創造性。
到了南北朝時期，在我國思想文化領域出現了不同于兩晉時期的新形勢，玄學思潮歸于沉寂，佛、道兩教繼續發展。
佛教大量譯經，廣泛流行，滲透到政治、經濟、社會、民俗及文化的各個層面，儒學面臨嚴峻挑戰。由于佛教的急劇膨脹，使原來儒、玄、佛、道的相互關系及其歷史格局發生新的變化。
儒家學者在思想、文化上的批評焦點，由老莊玄學轉向佛教，出現了大批反佛思想家。
盡管魏晉南北朝時期我國文化的發展趨于復雜化，但儒學不但沒有中斷，相反，卻有較大發展。這一時期，孔子的地位及其學說經過玄、佛、道的猛烈沖擊，脫去了由于兩漢造神運動所添加的神秘成分和神學外衣，開始表現出更加旺盛的生命力。
就魏晉南北朝的學術思潮和玄學思潮來說，都在一定程度上反映了當時一部分知識分子改革、發展和補充儒學的愿望。
他們不滿意把儒學凝固化、教條化和神學化，故提出有無、體用、本末等哲學概念來論證儒家名教的合理性。他們雖然倡導玄學，實際上卻在玄談中不斷滲透儒家精神，推崇孔子高于老莊，名教符合自然。
此時期雖然出現儒佛之爭，但由于儒學與政權結合，使儒不始終處于正統地位，佛、道兩教不得不向儒家的宗法倫理作認同，逐漸形成以儒學為核心的三教合流的趨勢。
儒者的排佛觀點
南北朝時期出現了著名的儒佛之爭，這一爭論可以表現在觀點上、言論上和實際行動方面。
儒家在論及佛教的孝道倫理問題時，多半采取主動攻擊、質疑的姿態，體現出其以華夏正統自居和面對異端侵入時那種居高臨下、義正辭嚴的氣勢。
同時，佛教的流行使儒家的固有觀念受到沖擊后，面對一種嶄新的、需要作出價值認定的情況時不自覺地流露出某種困惑和恐慌。
儒家著作《理惑論》指責佛教始祖釋迦牟尼“以父之財施與遠人，國之寶象以賜怨家，妻子丐與他人”的行為是“不敬其親而敬他人”、“不愛其親而愛他人”，是違禮悖德，不仁不孝。
這里對佛教的質疑全是針對沙門的形貌和事跡而發。儒家在辯難過程中，把儒家經典中的說法當作論辯雙方都得承認并遵守的天經地義、不言自明的公理，以之來作為衡量孝與不孝的標準。它很能反映出儒家的文化優越意識。
東晉孫綽的《喻道論》中也記述了當時儒家對佛教徒的論難。論難的內容和思路與《理惑論》基本相同。這個現象一方面說明對于當時的中國人來說，佛教的某些教規、行跡確實太過新奇怪異，與儒家傳統觀念習俗明顯相違，這也是其最初在中國立足的一個主要障礙。
另一方面也說明從2世紀末的牟子時代一直至這個時候儒家對于佛教在孝道倫理方面做不出更深層次的追問，因而不得不在表面形式上反復作文章。
總起來看，東晉以前儒家只是就事論事的針對孝道倫理的有關具體問題提出看法和質疑，試圖通過倫理道德上的評判駁倒佛教。
東晉時代佛教日益發展壯大，在桓玄主政之前，既有體現前一階段儒佛辯難特點的《喻道論》，又有后來批判佛教“無孝”并將之與王朝治亂相聯系的庾冰“沙門應盡敬王者論”以及多年后慧遠的相應辯護。
自桓玄首次公開指責佛教“傷治害政”后，儒家主要是以國家的名義從政治、社會、經濟、倫理等方面全面否定佛教。一切其它問題的涉及，包括佛教的“無孝”成了證明佛教“傷治害政”的理由。
儒者的排佛言論
在封建社會中，占有土地和勞動力是地主階級的統治集團賴以鞏固其統治的基礎，儒學在根本上是維護這個基礎的，而佛教僧侶的大量占田與大量僧徒的現象的存在，則與世俗地主的現實利益發生矛盾。
同時，在一定程度上影響中央集權制。因此，統治集團對于寺院經濟與僧徒的發展又不能不在一定程度上使用行政手段，實行限制，乃至不惜采取毀佛的粗暴做法。
南朝宋孝武帝時，周朗上奏指責沙門奢侈腐敗，破壞禮教、動搖國本。
梁武帝時，郭祖深抬棺上奏，指責佛教影響國家經濟，破壞禮法。
原與梁武帝為布衣之交的荀濟上書排佛，其例舉的理由最為全面，一是佛教破壞儒教綱常名教；二是佛教影響經濟，僧尼不事生產；三是僧尼奢侈妖妄、蠱惑人心，奪君主之“德嘗”、“刑罰”，“法席聚會，邪謀變通，危脅國家政權。宋齊崇佛而亡，梁今崇佛也有亡國之虞。”梁武帝見此奏大怒，要將荀濟處死，他嚇得逃亡北魏。
北朝的儒者排佛的輿論更有聲勢，上書奏言者有陽周、李煬、張普惠、劉晝、章伊子陀等人較為著名。楊衒之則撰《洛陽伽藍記》，借記術洛陽寺塔典故表達佞佛無益于國的道理。
兩次滅佛事件
儒生的排佛言論，也許并沒有給佛教的發展帶來太大的影響，而當時北朝卻發生了予佛教以沉重打擊的滅佛事件。我國中世紀史上“三武一宗”的滅佛事件，其中的前兩次都有發生在北朝，當權者實行滅佛政策大多都打著“尊儒”的旗號。
北朝從魏武帝時就開始尊崇儒家學說，重用儒者，而太武帝繼之尤甚。當時北朝的滅佛運動也是有原因的，從根本上來說封建王朝是以儒家學說為政府根據的。
當時的一份詔書上說：“昔后漢荒君，信惑邪偽，妄假睡夢，事胡妖鬼，以亂天常，自古九州之中無此也。由是改教不行，禮義大壞，鬼道熾盛，視王者之法，蔑如也。”
從這份詔書可以看出，魏太武帝利用儒家的夷夏之論，指責佛教為“胡禪”，給佛教加上破壞儒家的“政教”、“禮義”等綱常名教的罪名。他以繼承華夏正統自居，以恢復儒家的德治之世為號召，來推行滅佛政策。
到了北周時期，自宇文泰以來就“崇尚儒術”，按《周禮》設置六官，宇文護專權時還以“周公”自居。
周武帝親政后多次在朝堂上親講《禮記》，并集百僚、沙門、道士討論三教優劣，周武帝以儒教為先，道教為次，而佛教為最末。
他認為“六經儒教之弘政術，禮義忠孝，于世有宜，故須存玄。”而“佛生西域，寄傳東夏，原其風教，殊乖中國。朕非王胡心無敬事，既非正教，所以廢之。”可見周武帝滅佛主要理由是為以儒學維護統治，以華夏正統的身份廢除夷狄之法的佛教。
佛教是一種外來的文化現象，它需要用文化的手段來加以消化，使之與我國本土文化的主體交融，但使用行政手段強制廢除是錯誤的，也是行不通的。
結果是在魏武帝滅佛后，便有文帝的興佛；周武帝滅佛后，又有宣帝、靜帝之興佛。
在歷史上，佛教時興時滅主要取決于統治者的需要，而且主要是出于其政治、經濟上的需要，當然，也與他們在文化政策上選擇儒學作為官學有關，其實，儒學也不過是他們一種統治思想工具罷了。
南學
南學，即指南朝經學，當時南朝儒生發展魏晉學風，除《詩》、《三禮》采用鄭玄箋注外，《周易》用三國魏王弼注，《尚書》用偽孔安國注，《左傳》用晉杜預注。
他們講經兼采眾說，也取玄學，不拘家法，隨意發揮。又受佛教影響，所作義疏比經注更為詳盡。
南學的興盛期在梁代，現存的代表作品為梁朝黃侃的《論語義疏》。
北學
北學，即指南北朝時北朝的經學。當時北朝的經師，《周易》、《尚書》、《毛詩》、《三禮》都用鄭玄注，《左傳》用服虔注，《公羊傳》用何休注。
北學拒斥老莊之玄虛，繼承東漢學風，以章句訓詁為學問，比較樸實。但他們墨守經師家法，不敢別出新義，撰述不多。徐遵明、熊安生等為其代表人物。所撰經注，清朝馬國翰《玉函山房輯佚書》有輯本。
儒學與玄學
玄學是道家和儒家融合而出現的一種哲學、文化思潮，是對《老子》、《莊子》和《周易》的研究和解說，它產生于魏晉，是魏晉時期的主要哲學思潮，因此又稱“魏晉玄學”。
玄學觀念應出自《老子》，王弼注《老子》時，曾提出探索萬物根源、本體等層次的觀念。對于當時所流行的相關論題，魏晉人又稱為“名理”之學，詳加分析事物觀念，考究形名、言意等論題。
漢末隨著儒家經學的衰微，受到黨錮之禍的諸儒學名士遭到政治暴力的摧殘與壓迫，一變其具體評議朝廷人物任用的當否，即所稱清議，而為抽象玄理的討論。
另一個原因就是魏初正始年間的改制運動，倡自何晏、夏侯玄。作為一種新思潮的魏晉玄學，它吸收道家精神形態，所討論的問題，是從《周易》，《老子》，《莊子》三本經典而來，以老莊思想為骨架，究極宇宙人生的哲理，即“本末有無”的問題，以講究修辭與技巧的談說論辯方式而進行的一種學術社交活動。
玄學的發展并非要取代儒家，而是要調和儒道，使儒道兼容。
魏晉玄學可分前后兩期。魏末西晉時代為清談的前期，是承襲東漢清議的風氣，就一些實際問題和哲理的的反復辯論，也與當時士大夫的出處進退關系至為密切。這一時期，玄學在理論上有老或莊之偏重，但主要的仍是對于儒家名教的態度，即政治傾向的不同。
正始時期玄學家中，以何晏、王弼為代表，從研究名理而發展到無名。而竹林時期玄學家以阮籍、嵇康為代表，皆標榜老莊之學，以自然為宗，不愿與司馬氏政權合作。
元康時期玄學家以向秀、郭象為代表。已失去政治上的實際性質，僅止作為名士身份的裝飾品，并且與佛教結合，發展為儒，道，佛三位一體的趨勢。
正始石經
正始石經，又名《魏石經》、《三體石經》，是三國魏時刊刻的碑石經書。它刻制于正始二年，遺址在今河南省偃師縣佃莊鄉。
石經刻儒家典籍《尚書》、《春秋》兩書，是用篆文、古文、隸書三種字體書寫的。北朝時期正始石經多次遷移，并遭毀損。現在最大的一通殘石分為半塊，一通存于中國歷史博物館，一半存河南省博物館。
二、儒學名家
三國兩晉南北朝時期，政治不穩定，各種哲學思潮時興時衰，這對儒學的發展產生了很大的影響。
這一時期的儒學名家中，有很多人既是儒學學者，又精通道家等思想，這些人物的出現對儒學的發展影響很大。這一時期的儒學名家有何晏、王弼、王肅等。
何晏
何晏，字平叔，河南南陽人。三國時期魏國儒學學者，玄學家。漢大將軍何進之孫，其父早逝，曹操納其母尹氏為妾，何晏被收養，為曹操所寵愛。
少以才秀知名。娶魏金鄉公主。服飾擬于魏太子曹丕，故為曹丕所憎，稱其為“假子”，文帝時未授官職。
何晏與當時的夏侯玄、王弼等倡導玄學，競事清談，遂開一時風氣，為魏晉玄學的創始者之一。
在思想上重“自然”而輕“名教”，與其仗勢專權的實際行為多相乖違。
何晏主要著作有《論語集解》10卷、《道德論》兩卷。今存《論語集解》、《無名記》、《無為論》、《景福殿賦》等。
王弼
王弼（226年～249年），字輔嗣，山東鄒城人。魏晉玄學理論的奠基人。王弼出身官僚世家，其曾外祖父是東漢末號稱“八俊”之一、身為荊州牧的劉表。