尼奧等人拖著疲憊的身軀，繼續在混亂的矩陣中尋找歸途。此時，矩陣重啟的光芒如漣漪般擴散，所到之處，數據流逐漸穩定，像是在重塑一個全新的世界。

突然，前方出現了一道散發著柔和白光的傳送門，門上閃爍著與先知所給線索相似的符文。“這也許就是回去的路。”崔妮蒂說道，眼中燃起一絲希望。

但他們剛靠近傳送門，周圍的空間再次扭曲，機器城市的主機投影竟再次出現，只不過這次顯得有些虛幻和不穩定。“你們以為改寫矩陣就能改變一切？就算你們回到錫安，我也會讓機器大軍將它徹底摧毀。”主機的聲音帶著不甘與憤怒。

尼奧直視著主機投影，堅定地說：“你錯了，矩陣的改變會讓機器和人類看到和平共處的可能。無休止的戰爭對雙方都沒有好處。”

主機冷笑：“人類的貪婪與暴力，注定我們無法共存。”

墨菲斯上前一步，說道：“那是過去，矩陣的新規則將打破偏見。你我都清楚，這場戰爭已讓雙方付出慘痛代價。”

主機沉默片刻，似乎在權衡。就在這時，傳送門的光芒開始閃爍，預示著開啟的時間不多了。

尼奧趁熱打鐵：“給彼此一個機會，讓我們回去，向錫安的人們傳達和平的意愿，也給機器城市一個新的開始。”

主機投影微微顫抖，最終消散，仿佛做出了抉擇。

眾人不再遲疑，踏入傳送門。一陣光芒閃過，他們回到了錫安的飛船停靠點。

錫安的人們看到他們歸來，歡呼聲響徹云霄。尼奧站在眾人面前，舉起手中閃爍微光的密鑰，大聲說道：“我們改寫了矩陣，雖然未來仍有挑戰，但我們迎來了和平的曙光！”

隨后的日子里，尼奧等人作為使者，與機器城市進行了艱難的談判。憑借著改寫后的矩陣規則作為依據，以及雙方對和平的渴望，終于達成了停戰協議。

機器拆除了部分奴役人類的設施，人類也同意與機器分享部分資源與技術，開啟相互學習與合作的新篇章。矩陣不再是人類的牢籠，而是成為雙方溝通與交流的橋梁。

在這個全新的時代里，尼奧、崔妮蒂、墨菲斯和塞拉夫成為了傳奇，他們的故事在人類與機器的世界里代代相傳，激勵著每一個人為了自由、平等與和平而奮斗。錫安的孩子們在陽光下歡笑玩耍，機器城市的運作也不再只為戰爭服務，整個世界都在這場變革中，迎來了充滿希望的新生。