時空修復之后，林曉滿心以為生活終于能回歸往昔的平靜，自己也能重新投身純粹的科研工作，可現實卻遠非如此。接下來的日子，一系列超乎尋常的詭異事件如潮水般接連不斷地涌現。世界各地像是被一只無形的手操控，頻繁出現小型的時空波動。這些波動看似微小，卻有著巨大的破壞力，導致局部地區的時間秩序陷入一片混亂。在某些城市的街頭，一些行人毫無征兆地突然消失，又在數小時甚至數天后離奇重現，可他們的記憶卻變得支離破碎、混亂不堪，對失蹤期間的經歷要么完全遺忘，要么只殘留一些光怪陸離、毫無邏輯的片段。

林曉和陳教授在密切關注這些異常現象的過程中，還敏銳地察覺到，有一個神秘組織正在暗處悄然行動。他們通過各種隱蔽的渠道，瘋狂地收集與蝴蝶立方相關的信息，甚至不惜動用非法手段獲取一些曾參與蝴蝶立方研究的人員的實驗記錄。經過一番艱苦的追蹤和調查，林曉終于順著線索找到了一個隱藏在地下深處的科研基地。

這個基地戒備森嚴，四周布滿了先進的安保設備和隱藏的陷阱。林曉穿上了自行研發的隱形防護服，這是一種利用量子隱形技術制成的裝備，能夠有效躲避大部分監控設備的探測。她小心翼翼地潛入其中，發現里面擺滿了各種先進卻非法的科研設備，一群身著黑色制服的人正在緊張地忙碌著，他們似乎正在研究如何利用這些時空波動來獲取巨大的能量，妄圖再次激活蝴蝶立方，以達成不可告人的目的。

林曉在基地中與神秘組織的成員展開了一場驚心動魄的周旋。在一次偶然的機會中，她偷聽到組織成員之間的對話，得知他們的首領曾經是霍夫曼的舊相識。這個人對蝴蝶立方的力量極度癡迷，多年來一直對霍夫曼利用蝴蝶立方獲取力量的事情耿耿于懷，渴望復制霍夫曼的“成功”，妄圖借助蝴蝶立方的力量掌控世界。

林曉深知事態的嚴重性，在接下來的行動中，她憑借著自己的智慧和敏捷的身手，巧妙地躲過敵人的巡邏，利用隨身攜帶的干擾裝置，破壞了基地的電力供應系統。趁著基地陷入一片黑暗和混亂之際，她迅速找到了他們的核心設備，這是一臺巨大的能量轉換裝置，正源源不斷地吸收著時空波動的能量。林曉拿出特制的反制武器，對核心設備展開攻擊，經過一番激烈的對抗，終于成功破壞了它，暫時阻止了這個瘋狂的陰謀。然而，從基地中遺留的一些線索來看，林曉明白，這僅僅只是冰山一角，更嚴峻的挑戰或許還在后頭。