過了些時日，狀元孔仁玉專門到洛陽面圣，感謝皇恩。

廟堂之上，孔仁玉俯伏于臺階之下，叩謝天恩浩蕩。

后唐明宗望著這個具有離奇生世的孔子后裔孔仁玉，頷首微笑：“愛卿平身！朕聽多了亙古奇事，尚不如你家之事離奇。”

孔仁玉拜謝道：“若不是皇上明察秋毫，替民做主，臣還報不了此血海深仇，我們孔子嫡裔一脈可能就此斷絕了。”

后唐明宗見孔仁玉如此說，很是高興，各類賞賜不停。同時，他又特地讓孔仁玉在廟堂之上，講述自己離奇生平。孔仁玉娓娓道來，眾官員聽后莫不感嘆。

承蒙皇恩，此后的孔仁玉果然盡心盡力，為國盡忠，體現出了為政之才。

長興三年（932年），孔仁玉由曲阜主簿，遷龔丘（今山東寧陽縣）令，封文宣公。封了公，做了縣令，孔仁玉一直沒有忘記進京趕考時遇見過的道人所說的話。在那個晚上，那個道士和他說：“你是文曲星下凡，命里有此一劫，現在時機到了，來日必高中狀元，一定要記得報仇雪恨，今后做個好官，造福社會”。他一直在想，冥冥中自有天意，他能復仇一定是上天給他的旨意。所以，在擔任縣令期間，他一直兢兢業業，勤勤懇懇，體民疾苦，凡事常常親自過問，并認真對待鄉里所反映的社會問題，做一個愛民如子的好官。

后來，孔仁玉又遭遇一次大難。盤據在兗州，稱霸一方的慕容彥超，擔任兗州節度使。當他的勢力壯大之后，開始興兵反叛。這兇神惡煞的慕容官兵來勢洶洶，一路燒殺掠奪，攻城掠地。龔丘縣城當時是個孤島，處于孤立無援的絕地。幾乎就要攻破時，作為縣令的孔仁玉站了出來。他大義凜然，一點畏懼也沒有。他守住城頭，大喊：“兄弟們，我們已是孤城，往后已經沒有退路，與其退卻被殺，不如奮勇向前。置之死地而后生，或許會有一條活路。”士兵們見到主帥勇猛，也士氣大增，竟然一鼓作氣，奪回了城池。

慕容叛軍被平后，后周太祖郭威謁拜孔廟，孔仁玉作為陪侍。這次拜謁，后周太祖非常滿意，不僅給了孔家“銀器、雜彩、茶等“等諸多賞賜，還下旨讓孔仁玉襲封文宣公，任曲阜縣令，主孔子祀，同時讓孔仁玉兼任朝廷監察御使，代表朝廷對吏治民風進行監察。

此后孔仁玉官至兗州都督府長史，于宋乾德二年(964年)，卒于任期內，享年五十四歲。

孔氏家族慘遭罹難，經孔仁玉奇冤得已昭雪，自此之后，孔氏家族才再度興旺繁盛起來。孔仁玉與裴若蘭生有四子，長子孔宜，次子孔憲，三子孔冕，四子孔勖。孔憲、孔冕二支兩代之后失傳，此后的闕里孔氏都是孔宜、孔勖兩支的后裔。隨著時代的推移，族眾的繁衍，闕里家族陸續形成“五位”“二十派”“六十戶”。從此，斷了二十多年宗脈的孔子世家得以中興，后代簪纓綿綿不絕，成為了天下第一家，故而后世族人把孔仁玉尊為“中興祖”。